中国教育会是凭借上海许多得天独厚的条件生存发展起来的，这里地处中外交汇的中心点，又是国内新知识群的荟萃之所，外部信息灵，内向辐射广。但也由此带来成员背景各异，思想驳杂，性情相悖等不利因素。在租界特异环境和清末专制统治秩序调整松动的情况下，个人活力得以发挥，相互摩擦也因而加剧。中国教育会几起几伏，迭遭顿挫，清廷与殖民当局的镇压破坏固为主因，而中国教育会本身的弊病，则是从内部滋生的瓦解因素。
中国教育会最大的隐患之一，就是内部两派分歧始终未得到合理调整与解决，激烈派希望借此开展革命活动，温和派则企图变为纯粹的教育机构。双方没有妥筹良策，协调步骤，而是回避矛盾，各行其是。结果，合法与秘密两方面事业不能始终并行不悖，两派不断地试图使各自的主张成为唯一宗旨，否则就从事组织外的小团体活动，或是同时加入其他团体。这样虽然避免了正面冲突，但人力物力资源难以公平分配，组织建设起伏动**，组织功能无法发挥，内部矛盾冲突不断爆发。为此，中国教育会很难提出一套政纲策略，广泛吸引民众，从而突破教育的外壳，真正成为政治核心与旗帜。所以，尽管它力图发展为众望所归的政治团体，最终也只能把革命分子迫切要求组建革命大团体的潮流引导到同盟会的旗帜之下，而自身则在共和革命的凯歌进行中悄然消逝。
个人与宗派主义严重，成为中国教育会的一大弊端。近代中国的民主宣传重自由而轻权限，已经流弊匪浅。中国教育会激烈派中的一些人，受无政府主义影响较深，为害更重。他们鼓吹：“自由者何？凡吾心所欲为之事，吾皆得而为之，而人断不能禁止吾压制吾也。”[1]从反对专制的角度看，这在当时确有积极意义。但极端个人主义的恶性膨胀，也产生了严重的消极作用。这股思潮泛滥的恶果之一，就是1903年6月中国教育会与爱国学社的分裂。爱国学社成立后，学生大都加入中国教育会，双方在组织和财政上名义有别，实际上难分彼此。大家通力合作，使会社事业日新月异，呈现出生机勃勃的景象。