1898年，清政府正式向日本派遣留学生，孙中山与留日学界的接触，开始于是年年底或次年年初。冯自由记：“时孙总理、陈少白、梁启超先后亡命日本，彼此往还，相与研究革命方略，至为透辟。云翔偕同学戢翼翚（元丞）、吴禄贞（绶卿）访之，一见如故，对总理尤倾倒倍至。”[1]这时留日学界人数少，思想程度低。据秦力山回忆：“是时留学界尚不过百十人。”分成南洋官费、两湖陆军、湘粤自费、公使官费四部分，分别住在日华学堂、成城学校、大同高等学校、同文书院，“绝无政治上之运动也”[2]。虽然通过彼此交往，特别是与东京高等大同学校学生以及孙中山、梁启超等政治流亡者的接触，留学生的政治热情有所增长，一些人参加了自立军起义，但汉口失败使之遭受重创。孙中山与留日学界的关系，主要展开于20世纪以后。
自立军失败后，海内外革新势力的政治情绪普遍趋于激进化，保皇会内部因“言革”而发生分裂，康门师徒彼此冲突。一批原来属于维新派的留学生脱离保皇会的营垒及其影响，倾向于排满革命，与孙中山的交往联系逐渐增多。政治方面，1902年4月，章太炎等人发起亡国纪念会于东京，孙中山署名为赞成人，亲率华侨10余人自横滨赶赴东京莅会。后因日本警方阻止，乃与章太炎等在横滨补行纪念式。此会发起人多为留学生，在留日学界产生了一定的影响。[3]
宣传方面，1900年，郑贯一等在横滨创办《开智录》，因是油印，规模稍狭。是年12月，得到孙中山和横滨华侨的捐款资助，改用铅印，影响骤增。[4]1901年5月，东京留学生创刊《国民报》，得到孙中山的经费支持。“留学界倡导民族主义之杂志，以是为嚆矢。”[5]1903年，东京留学界各省同乡会创办的杂志相继问世，大张旗鼓地宣传民主思想和种族意识，其发端则由《湖北学生界》。[6]先是刘成禺“函约总理会谈于东京竹枝园，并邀程家柽、李书城、时功玖、程明超、吴炳枞等相叙，未几遂有《湖北学生界》之出版”[7]。