东方考古学协会由北京大学研究所国学门考古学会和日本东亚考古学会联合组成，追溯该会缘起，自应详究北大考古学会和日本东亚考古学会的来龙去脉及其相互关系。
北京大学考古学会的缘起与日本及欧美考古学界不无关联。自19世纪末起，日本即开始关注中国的考古发掘。辛亥革命以后，罗振玉、王国维等人避难京都，所带去的甲骨及殷墟出土古器物引起内藤虎次郎、富冈谦藏等人的极大兴趣。1913年9月，京都大学决定开设日本最早的考古学讲座。因负责的滨田耕作留学欧洲，由朝鲜史家今西龙暂管。1916年，有日本考古学鼻祖之称的滨田耕作博士从欧洲归国，正式开设考古学讲座，提出殷代金石过渡期说，并计划发掘遗迹。[1]东京的林泰辅、鸟居龙藏、大山柏等认为中国局势复杂，应朝着中日合作的方向发展，较易着手。[2]而中国方面与此不谋而合，也在筹划建立新型考古学机构。梁启超虽称“考古学在中国成为一种专门学问，起自宋朝”[3]，实则原来只有金石器物之学而无考古学。1908年，美国亚洲文艺会书记马克密以中国古代文化称盛，而古物为中外窃毁者多，在北京成立附属于该会的中国古物保存会，呼吁保护中国文物，得到各国驻华公使、使馆人员、欧美学者的热烈响应，陆续入会者达三百余人。民国以后，其活动除撰具禁毁中国古物广告四处张贴外，还将保存办法函达中国政府外交部，以期中外合力，共同保护。其实清末民初盗卖古物之风兴起，与来华外人从事掠夺关系甚巨。[4]
随着全球考古发现的重心逐渐东移，欧美日本等国相继在中国展开考古探险和发掘活动，所获成果震惊了国际学术界，也引起中国学者对于考古事业的关注，作为最高学府的北京大学尤为积极。1918年4月，治古物学的巨擘罗振玉抵京，北大校长蔡元培亲往其下榻的燕台旅馆拜访，请他担任北大的古物学讲座。罗以衰老不能讲演婉辞，“并言近在日本京都亦不任教科，惟在支那学会中与汉学家时有讨论而已”。蔡“乃与商专设一古物学研究所，请为主任教员，无教室讲演之劳，而得与同志诸教员共同研究，并以研究所组织法及全国古物保存法请先生起草”。[5]罗先受后拒，最终只担任后来成立的研究所国学门考古学通信导师。1921年，任职于中国政府农商部地质调查所的安特生在辽宁锦西沙锅屯和河南仰韶村的发掘，标志着中国近代田野考古学的诞生。[6]其成果和所使用的科学方法，很快引起胡适等北京大学新进学者的关注，他们积极支持安特生提出的为北大开设比较古物学课程的建议。[7]