一般认为，胡适研究《水经注》是出于乡谊，为安徽乡前辈戴震辩诬。这也是他本人主动交代的“作案动机”。他曾当众声明：“我审这个案子，实在是打抱不平，替我同乡戴震（东原）申冤。”[1]然而，提倡皖人治皖学的胡适，毕竟已成中国新文化的权威，爱护乡贤的畛域之见不能说丝毫没有，却很难成为锲而不舍的动力支撑，令人怀疑其别有隐情而欲借此掩饰。或者说，为戴震洗雪不白之冤只是表面的托词，真实原因要深刻得多。
揭开此案的关键之一，首先是时间的判定。胡适在前后十余年间，多次刻意强调他重审《水经注》案，是从1943年开始。[2]因为这年的11月，王重民致函胡适，并寄呈所撰《水经注笺赵一清校本提要》一文。胡适在来函上批道：
重民此信与此文。作于民国卅二年十一月，寄到后，我写了长信给他，表示此案并不已成定谳，后来我费了五、六年工夫来重审此案，都是重民此信惹出来的。[3]
当时胡适还托王的夫人刘修业抄录了他写给王重民的两封信，并且说明：“因为是我重审戴校《水经注》全案的开始，……留作一个纪念。”[4]加上1937年胡适曾致函编辑北京大学《国学季刊》的魏建功，谈到他对孟森有关论文的看法，说：
我读心史两篇文字，觉得此案似是已定之罪案，东原作伪似无可疑。古人说，吾爱吾师，吾尤爱真理。东原是绝顶聪明人，其治学成绩确有甚可佩服之处，其思想之透辟也是三百年中数一数二的巨人。但聪明人滥用其聪明，取巧而讳其所自出，以为天下后世皆可欺，而不料世人可欺于一时，终不可欺于永久也。[5]
劝魏不必怀疑孟森的判断。因而有学者相信前此胡适对该案未曾怀疑。[6]
但也有学者察觉到胡适开始注意《水经注》案的时间早于上述。因为杨家洛在《水经注四本异同举例》一文中说：“民国二十五年（1936），胡适之先生过沪，谓将为东原撰冤词。”认为尽管胡适标榜“大胆怀疑”，总要有过一番研究，才知道戴震有冤。[7]对于1937年的致魏建功函，有的学者细心地注意到，胡适“用了一个‘似无可疑’的词来表达自己的意思，这又说明他对此案并非完全同意，还有保留的余地”。[8]比较1943年胡适复王重民函，可见这种揣测并非无中生有。胡适说：