儒墨两家根本上不同之处，在于两家哲学的方法不同，在于两家的“逻辑”不同。《墨子·耕柱》篇有一条最形容得出这种不同之处：
叶公子高问政于仲尼，曰：“善为政者若之何？”仲尼对曰：“善为政者，远者近之，而旧者新之。”(《论语》作“近者悦，远者来”)
子墨子闻之曰：“叶公子高未得其问也，仲尼亦未得其所以对也。叶公子高岂不知善为政者之远者近之而旧者新之哉？问所以为之若之何也。”
这就是儒墨的大区别。孔子所说是一种理想的目的，墨子所要的是一个“所以为之若之何”的进行方法。孔子说的是一个“什么”，墨子说的是一个“怎样”，这是一个大分别。《公孟》篇又说：
子墨子问于儒者，曰：“何故为乐？”曰：“乐以为乐也。”子墨子曰：“子未我应也。今我问曰：‘何故为室？’曰：‘冬避寒焉，夏避暑焉，室以为男女之别也。’则子告我为室之故矣。今我问曰：‘何故为乐？’曰：‘乐以为乐也。’是犹曰：‘何故为室？’曰：‘室以为室也。’”
儒者说的还是一个“什么”，墨子说的是一个“为什么”。这又是一个大分别。
这两种区别，皆极重要。儒家最爱提出一个极高的理想的标准，作为人生的目标。如论政治，定说“君君，臣臣，父父，子子”；或说“近者悦，远者来”，这都是理想的目的，却不是进行的方法。如人生哲学则高悬一个“止于至善”的目的，却不讲怎样能使人止于至善。所说细目，如“为人君，止于仁；为人臣，止于敬；为人父，止于慈；为人子，止于孝；与国人交，止于信。”全不问为什么为人子的要孝，为什么为人臣的要敬；是说理想中的父子君臣朋友是该如此如此的。所以儒家的议论，终要偏向“动机”一方面。“动机”如俗话的“居心”。