已经辞去官职的恽毓鼎，对于时局的关注犹在许多身居高位、大权在握的当道之上，七月十二日（9月4日），他已经开始对“四川争路风潮甚烈”感到担心，并引发其对新政改制的批评。“此策创于邮部盛大臣，曾署名负责任。今当责成盛大臣妥办，不能办，则辞职，始合建国务大臣之本意。乃似以朝廷当其冲，监国忧烦，而部臣袖手，何必多此改制耶？”江南水灾，饥民暴动，恽毓鼎觉得“天时如此，人事如此，犹复侈谈立宪，举内外政而纷更之。我瞻中原，蹙蹙靡所骋矣。中夜悲愤，不禁泪下。新学小生，以此愚监国而骗功名；监国阁臣，以此自愚而忘宗社。人心尽去，宪将谁立耶？”清廷命督办大臣端方带湖北新军两营入川弹压晓谕，恽毓鼎敏锐地意识到：“此殊非计。两营乃张彪所统军，素乏纪律。吾恐保卫则不足，启祸则有余，乱其始此矣。”[16]
武昌文武官员相率弃城逃匿、而清廷悉置不问的消息，令恽毓鼎大为痛愤，“既无法纪，何以立国？悲愤填膺，手足俱冷。祖宗三百年缔造艰难之天下，以三年而尽弃之，岂能不哭？恨不呼列祖列宗，放声痛哭”。不过恽毓鼎特立独行，所愤也与众不同，“余近日悲愤交迫，见人辄痛骂政府，以抒其忿，几成狂易。呜呼！大好江山，竟使纤儿撞坏之耶？……时政之颠倒错乱，商人亦洞见之，岂政府反不知耶？无他，徇私嗜利之心胜，遂置祖宗基业于不顾耳。”（553）在恽毓鼎看来，祸根在于新政，“三年新政，举中国二千年之旧制，列圣二百年之成法，痛与刬除，无事不纷更，无人不徇私，国脉不顾也，民力不恤也。其为害，智者知之，愚者知之，即当权之大老亦未尝不知之。所不知者，我监国及四亲贵耳（洵、涛、泽、朗）。大老知而不言，廷臣言而不听。日朘月削，日异月新，酿成土崩瓦解、众叛亲离之大局，而吾属横被其忧。念及此，不禁放声痛哭。罪魁祸首则在张之洞、张百熙之力主令学生留学东洋。”（555）