好不容易熬得布政使的实缺，踌躇满志地赶赴湖南上任的郑孝胥，抵达任所长沙才刚刚三天，就接到湖广总督瑞澂的密电，因为内阁要重新厘定外省官制，请各省派员到京，以备咨询，瑞澂希望郑孝胥代表其前往应对。郑孝胥复电表示宜抱定前奏“中央集权，各省分权，边省全权”的政策，专委李宣龚一行即可。在瑞澂的坚持之下，郑孝胥只得勉强答应北上。他于闰六月廿五日（8月19日）启程，廿七日抵达汉口时，四川反对铁路国有的风潮渐起，“渡江谒莘帅，示川路诸电。王人文附和川人，抗拒国有之举，赵尔丰为之代奏。川人益横，欲逐李稷勋。莘帅与午帅会奏：请饬川督懔遵前旨。而廷旨甚怯，实不担责任也。莘帅奏饬李稷勋勿停路工，而令宜昌禁开会、止暴动，乃渐定。”[4]
让郑孝胥始料不及的是，这些波澜只不过是川路风潮惊涛骇浪的前奏。作为铁路督办大臣奉命带队入川的端方拟请郑孝胥为川汉、粤汉铁路总参赞，郑孝胥则希望端方用其献策，而不必加以参赞之名。到京后，郑孝胥继续与载泽、盛宣怀等人谈统一国库及理财行政分科之法，商议对付四川抗路的办法，积极出谋献策。盛宣怀对郑孝胥表示：“北京少公不得，湖南想可不往。”（1340）而奉旨督川的端方也力邀郑一同入蜀。郑孝胥虽然推辞，却献计“蜀事似宜严拿罢市罢课之主动者，俟平静后，从宽办结”。（1342）
郑孝胥不愿入蜀，当然是不想趟此浑水，而托词一方面是认为外官制关系全局，愿竭其所见，终始其事，另一方面，觉得蜀本无乱，不必劳师动众。可是此时蜀乱已成，郑孝胥听来访的赵熙言邓孝可、蒲殿俊等人被拘，求其缓解，遂致电端方，告以川路诸人各有隐情，似宜保全，以为转圜之地。而端方却内心方寸大乱，畏缩不前。郑孝胥心知不妙，致函盛宣怀：“窃见午帅内怀疑怯，智勇并竭，如强遣之，必至误事。请公切言于中枢，日内须速另筹办法，万勿大意。乱本易了，措置失宜，或酿巨祸。王、赵已误于前，政府复误于后，则蜀事败矣。”（1344）这一次郑孝胥倒是不幸而言中。当日清廷加派岑春煊赴川，郑孝胥又和盛宣怀商议办法，电告岑“宜乘商轮直赴宜昌，换轮入重庆。派兵直修电线，通至成都，一面用告白解散乱党。不过一月，乱可定矣。”（1344-1345）