学术自由是一种积极价值，它对学者的研究工作、教育工作、知识的进步、社会的发展都非常重要。保护学术自由已经成为政府、社会和学校的共识。但是，对学术自由的挑战依然无时不在，而且，这些挑战经常有相当充分的理据，甚至是以维护与学术自由具有同样重要性的积极价值为名。学术自由似乎并不具有绝对价值。
在美国的司法实践中，普遍认为学术自由受宪法第一修正案的保护，但是，即使是第一修正案本身，也不是一个至高无上的宪法原则，它也受到其他宪法原则的竞争。研究美欧宪政体系的张千帆教授说：
我们可把第一修正案的言论自由保障想象为公民的“盾”，而把宪法允许的必要限制权力设想为政府的“矛”。因此，法院需要探讨的中心问题是：公民的第一修正案之“盾”究竟包含多大范围的言论自由、且这块盾牌究竟多么坚固，来抵御政府出于实际需要而控制或惩罚言论的“矛”。显然，世上既没有“物无不陷”的矛，也不存在“物莫能陷”的盾。言论自由及其限制权力亦是如此。“矛”“盾”交锋，何者取胜，必然取决于社会的法治传统以及实际需要。[1]
在德国，尽管基本法明确了对科学、研究自由的保护，且无法律保留之规定，但是，人们通常还是认为，研究的自由仍适用于“基本权利的内在限制”（grundrechtsimmanente Schranken），即受到来自其他基本权利或其他宪法价值（如国家生存和自由民主基本秩序）的“宪法体系上的限制”（verfassungssyetematische Schranken）。当保证学术自由与保护他人受宪法保护的权利产生冲突的时候，必须依据基本法的价值秩序标准，且保证宪法价值一致性，经由宪法的解释来解决。在此紧张关系中，学术自由对于与其相冲突的受宪法保护的价值，并不能永远居于优先地位。[2]