这一时期，以1985年中央颁布的《关于教育体制改革的决定》为标志，教育事业进入了全面改革的快车道，高等教育投资政策也有较大的变化，突出表现在以下几个方面。
——实行了“三级办学、两级管理”的管理体制。高校实行中央、省、中心城市三级办学体制，由中央和省两级管理，这既有利于调动各级政府办学的积极性，又有利于政策的落实。
——明确了“两个增长”的投资要求。《关于教育体制改革的决定》明确要求，中央和地方政府教育投资的增长要高于财政经常性收入的增长，并按在校学生人数平均的教育费用逐步增长，进一步明确了各级政府发展高等教育的责任。
——改革了对高校的拨款方式。改“基数加发展”的平均分配的经费拨款方式为“综合定额加专项补助”方式，调动了高校招生的积极性。
——实现了招生形式的多样化。允许招收委培生、自费生。这一方面使高校的专业设置和招生数量更好地满足了国家、社会、企业的需要，另一方面也增加了学校的收入，增强了学校的发展动力。
——实施了学生收费与助学金改革。在进行委培生、自费生多年试点的基础上，20世纪80年代末，全国普通高校计划内学生普遍开始交纳学杂费和住宿费，尽管标准很低，学杂费每生每年100元，住宿费每生每年20元，但其标志性的意义却很强。这预示着中华人民共和国成立以后免费上大学时代的结束。为了避免家庭困难学生因缴不起学费而辍学，国家同时进行了助学金的全面改革，实行奖学金、助学金、贷学金制度。
——社会捐赠开始出现。但主要是由境外人士和港澳爱国人士对高校进行捐助。
[1] 康宁.中国经济转型中高等教育资源配置的制度创新[M].北京：教育科学出版社，2005：137.