这一时期以应对亚洲金融危机、拉动内需而引发的我国高等教育扩招为起点，高等教育进入快速发展期，实现了由精英教育向大众化教育的转变，其投资政策的主要特点有以下几个方面。
——地方政府发展高等教育的责任加大。随着中央有关高校的下放和省级高校的调整到位，高校管理体制实现了中央、省两级管理。以省管理为主体制的落实，使得地方政府发展高等教育的责任加强，投资压力加大。
——社会融资成为高校投资的重要来源。为了解决扩招后高校资源不足，经费不够的状况，第一，积极进行高校后勤社会化改革，利用社会资源解决学校学生宿舍和食堂不足问题；第二，利用银行贷款建设新校区和新校舍，满足学校发展需要；第三，创办独立学院，扩大优质教育资源，缓解学生就学压力。2006年，全国318所独立学院本科招生数45.47万人，占全国普通本科院校招生总数的21.99%。
——高校的办学质量和水平有待提高。高等教育由精英教育转为大众化教育后，培养目标发生了重大变化，不少学校的学生质量和办学水平均有待提高，并引起广泛关注。进入21世纪后，提升高校办学水平和培养质量成为一个发展主题。
——稳定学费标准，规范收费行为，治理乱收费问题，构建困难学生资助体系。这些既是社会关注的热点，也是这一时期政府重点完善的政策措施。
——高等教育投资政策多元化模式基本形成。
[1] 董洪量.高校扩招：民所愿 国所需[N].人民日报，1999-09-11.
[2] 上海高校后勤社会化改革纪实［N］.光明日报，1999-10-30.
[3] 常向阳，袁靖宇.中国高校产业：历史、现状与趋势[J].科学学与科学技术管理，2002（7）.
[4] 戴佩华.中国高校产业成长历程及发展对策研究[D].重庆：重庆大学，2003：24.