这一时期的重要政策文件有2000年的《关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》、《面向21世纪教育振兴行动计划》，乃至2010年《国家中长期教育改革与发展规划纲要》。
（一）财政投资政策
1.地方政府成为高等教育财政投资主体
1999年6月中共中央、国务院颁布《关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》，要求进一步简政放权，加大省级人民政府发展和管理本地区教育的权力以及统筹力度，特别是把发展高等职业教育和大部分高等专科教育的权力以及责任交给省级人民政府。1999年国务院进一步调整国务院部门所属高校管理体制和布局结构，规定除教育部、外交部、国防科工委、国家民委、公安部、安全部、海关总署、民航总局、体育总局、侨办、中科院、地震局等部门和单位继续管理其所属学校外，国务院部门和单位不再直接管理学校。少数普通高校划归教育部管理或由教育部负责调整，其他普通高校实行“中央与地方共建，以地方管理为主”的体制，由地方统筹管理。2000年2月国务院转发《教育部等部门关于调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构实施意见的通知》。调整方案中提出，将22所普通高校划转教育部管理，34所普通高校由教育部负责调整。97所普通高校实行中央与地方共建、以地方管理为主，并由地方统筹进行必要的布局结构调整。其中与投资体制关系密切的内容有，中央与地方共建、以地方管理为主的普通高校，其国有资产、人员编制、劳动工资管理等均由省级人民政府负责。由部门下属企事业单位继续举办的学校，人、财、物等管理体制不变，教育业务按照属地化原则由地方教育部门管理。实行中央与地方共建、以地方管理为主的普通高校的教育事业费，由财政部按照1999年度调整预算数扣除一次性专项后，再上浮15%，作为下划地方的经费指标；公费医疗经费和房改经费（专项用于补助建立住房公积金），由财政部按照1999年预算执行数，从2000年起划转到地方，并由地方财政部门核拨到学校。凡财政部按原中等专业学校户头拨款的由中等专业学校升格的普通高校，其事业费按1999年拨款额划转地方。学校所需基建投资，原则上按照学校前5年（1995-1999年）中央预算内投资的年平均数，结合建设项目和学校发展的实际情况，由教育部会同原主管部门（单位）和有关省（自治区、直辖市）与国家计委协商确定投资基数，继续由中央支持一段时间后再转由地方政府负责。由国家计委按建设项目给予上述学校一定额度的一次性专项补助。同时，政府对于扩招政策的投资支持力度进一步加大：为缓解高校办学条件紧张的压力，中央财政从1999年增发的600亿元国债中专门拨出14亿元用于这次高校扩招经费补贴，其中7亿元用于补贴中央部委所属高校，另外7亿元用于补贴地方政府所属高校，同时，国债安排时还吸引了地方、部门和学校的配套投入37亿元。[1]2001年7月《教育部关于印发〈全国教育事业第十个五年计划〉的通知》要求建立、健全实行中央和省级人民政府两级管理，以省级人民政府管理为主的新体制，指出政府应主要运用拨款和立法、规划、评估、信息服务、政策指导、执法监督等手段对教育进行宏观管理。