经过长期以来高等教育规模的发展，特别是1999年大规模的高校扩招以来，全国普通高校招生数从1998年的108万人，扩大至1999年的160万，2000年的221万和2001年的268万。而伴随这一飞跃式的扩张，各高校一改往年办学条件恶化的趋势，高校办学条件如生均经费投入、生均校舍建筑面积和生均固定资产与教学仪器设备等几个重要指都标实现了与招生规模的同步增长。1998-2001年，中国高等教育规模扩大了一倍以上，政府拨款增幅达到了80%，高校自筹收入增长了1.7倍，其中学费收入增幅达两倍以上，成为支撑我国高等教育筹资多元化体制快速形成的最重要因素。
在多元化投资体制下，从高等教育投资的规模、效率和公平等目标来看，各地区不均衡程度不断提高。
（一）财政投资占高等教育投资比例下降，地区间不平衡性拉大
从20世纪80年代中期以来，虽然国家财政安排的教育经费的绝对量每年都增加，但多种渠道筹措经费在经费总支出中的比例越来越高。由下图可见，全国高等教育预算内事业费比例从1993年的82.41%下滑到2008年的48.14%，而学杂费比例从1993年的6.15%增长到2008年的27.78%。
图4-1 全国高等教育预算内事业费拨款比例与学杂费比例变化趋势
各地区都基本形成了高等教育投资的多元渠道，但是中央政府与地方政府的投资关系、教育主管与行业主管部门的投资关系、政府与其他渠道的投资关系在不同地区却体现出差异化形态。因此，高等教育投资总规模在不同地区得到了不同幅度的增长。
（二）集中财力重点投资，提高效率
在提高效率的目标下，“重点建设项目”给少数高校带来了相对较多的投资。1978年国家确定重点大学名单后，由于一些院校合并、调整，至1981年底，全国重点高校为96所。除了中央确定的全国重点高校外，各省、市、自治区及各部委也相继确定了本地区、本行业的“省重点”“市重点”和“部重点”高校，基本形成了一个“全国性”和“省、市、部”级多层结构的重点高校建设体系。在这样的政策体系下，由于地区间财力支撑能力不同等原因，导致各地高等教育投资效率有较大差异。