计划经济条件下，由于政府决策高度统一，由中央政府出台政策，政策决策影响因素相对较少，主要是国家层面的政治和经济因素。而在市场经济条件下，政策制定权下放，由政府决策向政府牵头转变，中央、省级政府和学校均成为政策制定主体，政策决策过程由统一模式向民主模式转变，国家层面和地方层面的政治、经济、环境、资源、人口及文化等条件均对政策的制定和执行产生了不同程度的影响，政策决策过程趋向复杂化。
例如，1985年《关于教育体制改革的决定》与中共中央先前颁布的《关于经济体制改革的决定》和《关于科技体制改革的决定》，具有理论上的逻辑联系和实践上的递进关系，是拉开我国高等教育管理体制改革序幕的一项重要政策。扩大高校办学自主权，改革高校招生和毕业生分配制度，学校逐步实行校长负责制。1988年4月，国家教委下发《关于高等学校逐步实行校长负责制的意见》，积极推进这一制度的实施。至1989年初，已有100多所高校实行了校长负责制。但1989年中断了教育体制改革的进程。教育发展低迷缓慢，100余所试行校长负责制的高校陆续恢复了原有体制。20世纪90年代初，我国采取对大学生实行军训、减少高校招生、调整留学生派遣方针等收缩政策。北京大学、复旦大学1990级新生到军队院校军训一年。1989年，普通高校研究生招生比上年减少10.8%，本专科招生减少19.4%。文科研究生不从应届生中招收，工、农、医科研究生从应届生中招收的比例不超过40%。1989-1991年，研究生和本专科招生数连续三年低于1988年。在这样的学生规模下，高等教育的投资增长也受到了一定影响。
再如，1998年金融风暴对我国高等教育投资带来了正负两方面的影响。在经济需求不景气的压力下，许多银行看上了学校这块稳定的“财源”，纷纷追着学校要给贷款。据不完全统计，截至2002年底，全国从1999年开始启动的后勤社会化新建学生公寓3300万平方米，改造1000万平方米，超过1949-1999年建成的总数3200万平方米。但是，贷款政策也给高校带来了盲目发展、债务风险加大等负面影响。