改革开放30多年来，我国农村基础教育取得了巨大成就，基础设施不断改善，适龄人口入学率不断提高，贫困地区义务教育工程取得长足进展，义务教育阶段家庭经济困难学生“两免一补”政策实施范围不断扩大。但不可否认，我国农村基础教育，尤其是中西部贫困地区的农村基础教育，仍然面临很多发展困境，如经费不足、师资匮乏、人才培养模式错位等，制约了农村经济社会的良性发展。
（一）“以县为主”教育管理体制有待完善
我国实行“在国务院领导下，由地方政府负责，分级管理，以县为主”的基础教育管理体制和财政体制，这是对原有农村基础教育财政管理体制的一个重大突破，成效值得肯定，但管理体制仍然面临诸多问题。首先，相当一部分县级政府缺乏足够的财力，特别是中西部以农业为主的县长期存在财政能力薄弱的问题。其次，省级政府财政责任不明确，“以县为主”的管理体制对各级政府的教育财政责任没有明确规定，尤其是省级政府的财政责任不明确，在农村教育中并未发挥应有作用。这种政府间财力与基础教育事权责任的不对称，是农村基础教育经费短缺的制度性原因。
（二）农村教育发展的不均衡问题仍然突出
我国是农业大国，农村人口占总人口的大多数，义务教育的重头戏在农村。《教育规划纲要》明确提出将建成覆盖城乡的基本公共教育服务体系，实现基本公共教育服务均等化，缩小区域差距。我国从实施九年义务教育以来，取得了显著的成效，但义务教育城乡差别依然存在。与城市义务教育相比，低入学率、低升学率、高辍学率是农村义务教育发展中出现的重要问题。而基础教育阶段城乡教育机会的差距，教育经费、教学条件、师资力量等因素造成的教育质量的差距形成了逐级累积的结果，导致城乡学生接受高等教育机会的差距。教育资源的相对缺乏对农村学生的全面发展产生了不良影响，使得农村学生走向社会的竞争力不足，获得较好社会工作、待遇的机会少于城市学生。