学术性是高校的基本特征，是高校区别于政府、企业和社会组织的根本。高校自身的组织结构也必将反映这样的特点，即以学术权力为中心。因此，落实和扩大高校自主权的核心是遵循学术规律、坚持学术本位、彰显学术权力、尊重学术自由。因此，建立以学术制度和学术权力为核心的高校内部治理机制是建设我国现代大学制度的关键。
（一）建立以法律为依据、以学校法人化为标志的外在制度，理顺政府与高校的关系
准确界定政府与高校的法律定位，理顺政府与高校的法律关系，保证政府在管理大学的过程中依法行政，实现政府与高校关系的法治化，是改革和创新高校内部治理机制，落实和扩大高校办学自主权，建立现代大学制度的基础。
一方面，政府应当依据宪法精神对高校及其成员所从事的与教学和科研相关的工作予以鼓励和帮助，不得随意干涉；另一方面，政府应加强现有法律法规的落实和执行工作，推进具有中国特色的高校法人化改革的进程，合理配置和规范政府与高校的权力关系，促进高校的自主发展。同时，我国应在吸收借鉴世界高等教育强国发展经验的同时，充分考虑我国高等教育特殊的发展历史和现状，对高校的学术权力出台专门的立法。另外，还应明确政府在大学治理中的定位，转变政府职能，改变政府参与大学治理的方式，综合运用政策引导、经济调节、法律规范等手段加强对高校的宏观指导和有效调控，尊重高校办学自主权，减少不必要的行政干预。
（二）在高校内部建立保障学术权力的制度规范和运行机制，理顺高校内部权力关系
高等学校内部权力结构失衡，行政权力过于强大，学术权力极为弱小，民主权力微不足道，是目前我国高校存在的一个普遍现象。理顺高校内部各权力间的关系，就要进行制度创新，在高校内部建立起保障学术权力的制度规范和运行机制。