相对于部委院校和教育部直属院校而言，地方高校具有先天的劣势。例如，教学方面，生源质量低、办学经费少、师资力量差，使其难以培育大量精英人才；科研方面，科研队伍层次低、科研投入经费少、研究方向不固定，使其很难开展高水平的研究和承担国家级科技攻关任务等。但是在区域创新方面，地方高校具有全国重点高校不可替代的优势，是区域内科技创新、技术转移和成果转化的重要载体与平台，是区域人才培养、知识创造、积累与传播的重要基地，是传播科学精神、科学道德以及精神文明和文化建设的主要阵地。地方高校在区域创新体系建设进程中担负着光荣而艰巨的使命，应得到地方政府和社会的重视和支持。同时，地方高校与全国重点高校一样，应主动参与区域创新体系建设，发挥引领和支撑作用，为区域经济社会发展贡献力量。可以说，地方高校是区域科技进步的主力军，地方高校是区域内人力资源的主要培养者、知识创新的主体，地方高校是社会发展的重要推动力量。所以，我们应采取措施推动地方高校融入区域创新体系。
（一）理顺地方高校与其他主体之间的互动机制
传统体制下的政府对创新体系各主体实行计划配置，虽然这有助于重大科技目标的实现，但很难发挥产、学、研、用等单个主体的积极性。随着改革的深化，计划机制的作用在减弱，但现有的创新中介机构和支撑服务体系较为薄弱，无法发挥市场机制的作用。同时，区域创新体系主体性要素所处的外部环境不够理想，如人才的流动受到社会保障体系和人才政策的束缚，科技成果的产业化受到融资体制的限制，政府科技信息等公共产品供给的缺失导致区域创新体系互动机制的缺位。
加强高校与地方合作最有效的手段和途径就是建立地方高校与地区龙头企业长期稳定、互惠共赢的产学研战略联盟，构筑合作创新平台，将高校优势科技资源系统地注入支柱产业、新兴产业的发展中，实现产学研合作由短期合作、松散合作、单项合作向长期合作、紧密合作、系统合作的转变。高校应瞄准地方科技创新需求，有组织、跨学科地与省市共建科技创新平台，积极承接省市委托的重大科技项目，推动区域自主创新体系的完善和产业结构的升级。