1.理论基础不同
质性研究与定量研究理论基础不同。定量研究的理论基础是西方哲学史上发展了一百多年的实证主义哲学，而质性研究的理论基础则包括建构主义、后实证主义、解释学、现象学等各种理论流派，虽然这些理论流派之间的观点有着不同之处，但与实证主义有着本质的区别。这主要体现在以下三个方面。
第一，对本体论两者有着不同的前提假设。实证主义认为，现实事物是不以人们的意志为转移的，是客观存在的，不受主观价值因素的影响。主体和客体是两个截然分开的实体，主体可以通过对一套工具的操作而获得对客体的认识，必须建立在经验的基础之上，社会现象是可以被经验地感知，一切要领必须还原为直接的经验内容，理论的真理性必须用经验来验证。而以现象学为代表的哲学流派则认为，社会现实的本质并不是客观存在的，而是因不同的人在不同的时空赋予各不相同的意义。主体对客体的认识实际上是主体在和客体的互动关系中对客体的重新建构，主体和客体两者是一个互为主体的关系。
第二，在认识论上，实证主义极力推崇经验的作用，认为主体对客体的认识必须建立在经济的基础上，一切概念必须还原为直接的经验内容，理论的真理性必须由经验来验证，认为“知识”有其客观的规律，具有可重复性。研究者只要遵循一定的方法规范，就可以将研究的结果在更大的范围内推广。而以现象学为代表的哲学流派则否认事实与价值是相互独立的客体，他们认为对知识的认识不是唯一不变的，它是在具体社会文化情境的建构，是参与各方面通过互动而达到的一种短暂的共识。知识是一个重构的创造的问题，不存在带有普遍意义的、脱离具体情境的、抽象的知识。