在小学综合实践活动的实施阶段，教师应根据学生开展不同主题遇到的不同问题，进行有针对性的指导，这些指导主要包括研究方法指导、资料收存指导、课堂活动指导、调查活动指导、访谈活动指导、实验活动指导和活动记录指导七个方面。
（一）研究方法指导
研究方法是在小学综合实践活动过程中，学生发现问题、分析问题和解决问题的探究、讨论方法。小学综合实践活动要求学生积极参与、自主实践，但并不是脱离教师的学生自主自发过程，教师的有效指导是必要的前提。活动中尤其应该加强对学生活动方式和研究方法的指导，对活动进行宏观调控，将能力的培养、方法的掌握摆在与知识积累同样重要的地位。如何发现和提出问题，如何设计活动方案，如何搜集与处理资料，如何撰写活动总结报告，如何表达活动成果，如何开展小组合作，如何调查、访谈、试验、利用网络等，都需要教师给予指导。
为使学生在综合实践活动实施过程中掌握一些基本方法，教师往往要对学生进行知识讲授，那么，如何避免方法指导陷入知识讲授呢？教师需要围绕如何撰写活动总结报告、表达与交流等进行活动设计。这些设计要将方法指导与方法实践结合起来，同具体主题活动结合起来。例如，自然科学问题的研究与人文社会科学问题的研究在研究方法上就存在很大差别。一般而言，自然科学研究更侧重数字和证据，往往较多采用实验法、观察法、统计法等；而人文社会科学研究则更侧重资料的搜集与整理，所以较多采用文献法、比较法等。
此外，综合实践活动过程中研究方法的选择，还要注意学生年龄的特点和研究的进度。一般而言，对于小学低年级学生，实验法要求相对过高，因此要多使用一些简单的方法，如观察法；而对于小学高年级学生而言，则应更强调科学性和严谨性，可采用科学性较强的实验法、统计法等。在综合实践活动课实施的不同阶段，学生选择的研究方法应与之对应。例如，在活动实施的初始阶段，学生以搜集资料为主，所以资料搜集与调查采访法采用较多；而当资料数据收齐后，则更多采用统计和比较分析的方法等。