高等教育投资体制改革的重要意义还在于它开始改变高等学校过去由于在经济上主要依赖财政从而在办学上过于依赖政府的状况，为高校注入了新的活力，使高校面向社会自主办学具有了经济基础和激励机制。处于市场经济环境的高校，已经改变了过去完全依赖政府的习惯，开始积极主动地面向社会开放办学，成为融资主体。参与市场竞争的高校也开始改变过去隔离于社会的象牙塔作风，更加灵活、更加主动地加强人才培养与社会需求、科研开发与经济发展的密切联系，动员各种社会资源，提高办学的质量和效益。而且高校一旦与社会和市场接触更加紧密，问责意识与项目管理意识都会无形中得到提高，就有动力改变自身内部资源的分配方式，从而降低运行成本，使得高校在资源投入相同的情况下，教学、科研和社会服务这些不同产出之间的联系更加紧密，从而提高总的产出效益。