随着《民办教育促进法》及其实施条例的颁布和实施，民办教育相关政策逐渐健全完善，对民办学校内部治理的要求和指导也日趋深入。这一时期，民办学校内部治理日趋规范，推动民办教育进入规范发展期。
《民办教育促进法》及其实施条例在民办教育发展的宗旨上与《社会力量办学条例》一脉相承，但对民办学校治理结构的规定更为详细具体，并进一步提高了强制性。如《民办教育促进法》确定了民办学校内部的治理结构，一是规定必须设立理事会、董事会或者其他形式的决策机构，并明确决策机构人数，对决策机构职权范围作出更具体的规定；二是明确学校法人代表由理事长、董事长或者校长担任；三是更具体地规定了民办学校校长的管理职责与权限。民办学校校长职权的确定，从法律上保证了民办学校校长能够独立行使办学权。至此，民办学校内部治理的国家制度框架初步清晰。
以《民办教育促进法》及其实施条例确定的基本制度框架为依据，以全面规范为特征的各类规章制度相继出台配套。2006年国务院办公厅印发《关于加强民办高校规范管理 引导民办高等教育健康发展的通知》，进一步明确理事会（董事会）作为学校决策机构依法行使决策权；理事长、理事（董事长、董事）名单必须报审批机关备案；校长依法行使教育教学和行政管理权；校长必须具备国家规定的任职条件并报审批机关核准。同年，中共中央组织部和中共教育部党组专门下发《关于加强民办高校党的建设工作的若干意见》，强化民办高校党组织建设。2007年1月，教育部讨论通过《民办高等学校办学管理若干规定》，对民办高校的政府管理、内部管理进行规范，特别提出“建立民办学校督导员制度”。