实行“以县为主”的义务教育行政管理体制改革，不仅仅是农村义务教育责任的转移，即“以乡为主”转向“以县为主”，同时也是将教育投入从主要由农民负担转到由政府负担上来。换句话说，“以县为主”的义务教育管理体制改革，其核心问题是教育投入机制的转变，要求县政府通过调整本级财政支出结构，增加教育经费预算，对上级转移支付的资金做出科学、合理的安排。
《国务院关于基础教育改革与发展的决定》对教师工资支付作了明确规定：“确保农村中小学教师工资发放是地方各级人民政府的责任。省级人民政府要统筹制定农村义务教育发展和中小学布局调整的规划，严格实行教师资格制度，逐县核定教师编制和工资总额，对财力不足、发放教师工资确有困难的县，要通过调整财政体制和增加转移支付的办法解决农村中小学教师工资发放问题。”“从2001年起，将农村中小学教师工资的管理上收到县。为此，原乡（镇）财政收入中用于农村中小学教职工工资发放的部分要相应划拨上交到县级财政，并按规定设立‘工资资金专户’”，“在此基础上，为支持国家扶贫开支工作重点县等中西部困难地区建立农村中小学教师工资保障机制，中央财政将给予适当补助”。
“以县为主”的义务教育行政管理体制改革，要求县政府要确保中小学教职工工资的足额发放。按照规定，农村中小学教职工工资要县里集中管理，2001年国家统一规定的工资项目和标准将农村中小学教职工工资总额上划到县，调整县、乡财政体制，由县按照国家统一规定的工资项目和标准，统一发放农村中小学教职工工资。同时，《中华人民共和国教师法》中也规定，县级政府安排使用上级的工资性转移支付资金、农村税费改革转移支付资金和一般性转移支付资金，首先要用于保证农村中小学教职工工资。