在“以县为主”的义务教育管理体制下，县级政府承担了统筹发放中小学教师工资的职责。到2001年10月为止，据20个省份上报给教育部的数据，全国已有1117个县（市、区）将农村中小学师资管理上收到县一级，占这些省份总县（市、区）数的58%。从数据上看，各级政府是以积极态度推进“以县为主”义务教育管理体制改革的。
为了了解各地实际情况，2001年9-12月，国家教育督导团组织国家督学，对8个省份落实“以县为主”的农村义务教育管理体制进行检查。检查结果与各地政府自报材料有一定出入，许多地方对“以县为主”教育管理体制的认识尚不统一。一些地方市、县、乡各级对实行这一体制各有各的想法，积极性不高。特别是一些欠发达地区的县（市、区），过去由乡一级发放工资有困难，现在以县为主，拖欠教师工资问题依旧，只是从乡镇挪移到县，县级政府无能为力。截至2001年11月，甘肃省由县（市、区）统发教师工资的有28个，占县总数的32.18%；而河南省由县（市、区）统发教师工资的只有14个，仅占县总数的8.86%。[7]
针对这种情况，2002年4月，国务院下发了《国务院办公厅关于完善农村义务教育管理体制的通知》，对《国务院关于基础教育改革和发展的决定》的精神做了进一步阐释，统一认识。要求：“县级人民政府对农村义务教育负有主要责任，省、地（市）、乡等地方各级政府承担相应责任，中央政府给予必要的支持。”此后不久，国家教育督导团再次派人到各地巡查。继上半年对新疆、黑龙江、山东和陕西4地的14个县（市、区）调研之后，11月上旬，国家教育督导团派出调研组，对河南、河北、湖南等11个省份的22个县（市、区）进行了督导调研。与2001年的调查结果相比，督导检查和调研所到的15个省份的大部分县（市、区）已经完成农村义务教育体制上收到县的工作，完全实行“以县为主”的县（市、区）有30个；仅将教师工资上收到县的有34个；仅将教师人事管理上收的有31个。贵州全省范围内全部完成教育体制上收到县工作。少数管理体制没有上收的县，主要集中在有些经济发展好、教育投入力度大的地方。这些地方的乡镇财政体系足以支撑中小学教师工资的按时足额发放。例如，浙江省慈溪市掌起镇2001年财政支出为3803万元，其中教育投入为1625.35万元，2002年教育投入超过2000万元。吉林省通化县各乡镇教育投入比例也较高。县里担心义务教育体制改革会影响到乡镇投入的积极性。[8]