在20世纪末我国基本完成了“两基”目标，保障了适龄儿童和少年接受义务教育的基本权利。但由于我国仍处于社会主义初级阶段，各地经济社会发展不平衡，城乡二元结构矛盾突出，城乡之间、地区之间、学校之间的教育质量和水平差距依然存在，在一些地方和有些方面还有扩大的趋势，这成为义务教育发展中需要高度关注的问题。2005年教育部印发的《关于进一步推进义务教育均衡发展的若干意见》指出，应该将义务教育均衡发展放在重要的位置，采取积极措施，逐步缩小学校办学条件的差距；统筹教师资源，加强农村学校和城镇薄弱学校师资队伍建设；建立有效机制，努力提高每一所学校的教育教学质量；落实各项政策，切实保障弱势群体学生接受义务教育；建立监测评估体系，切实推进义务教育均衡发展。根据义务教育均衡发展思想的指导，要在义务教育办学结构方面，加大对薄弱学校的支持，通过加大义务教育经费投入，对薄弱学校进行改建、扩建和新建；要调整教育经费支出结构，重点支持农村地区、贫困地区、少数民族地区的义务教育发展，加大对经济困难地区的教育专项转移支付，督促辖区内中小学生均公用经费基本标准和预算内生均公用经费拨款标准的落实。
2010年教育部发布的《关于贯彻落实科学发展观进一步推进义务教育均衡发展的意见》指出，我国义务教育已经全面普及，进入了巩固普及成果、着力提高质量、促进内涵发展的新阶段，要将推进均衡发展作为义务教育改革与发展的重要任务。实现均衡发展要求以提高教育质量、促进内涵发展为重点。这一政策再次确认了“均衡发展”在义务教育发展和改革中的方向性地位。在义务教育教师结构、教育资源配置结构、城乡教育结构、义务教育学校管理结构等方面的调整上，都应坚持以“均衡发展”为指导，以促进城乡之间、区域之间、校际之间均衡发展为标准来进行结构上的调整与完善，尽早实现义务教育的均衡发展。