一、魏晋时期的学校教育
东汉末年至三国鼎立时期，由于战乱历久，社会各层次教育都处于停摆状态。东吴和蜀汉建立后，由于国力弱小，基本没有精力整顿教育。只有曹魏曾对由于战祸而荒废的太学制度进行了一定程度的恢复和发展。魏文帝曹丕制定了五经课试的方法，使考试与选拔结合在一起。五经课试承袭了东汉桓帝所制定的依通经多少而授予官职大小的办法，有利于提高太学的教育质量，对后世有很大影响。
西晋太学是曹魏太学的进一步发展，太学生人数达到了七千余人，并且随着当时社会士庶分化的加剧，太学生中也出现了门人、弟子、散生、寄学、寄学陪位等不同位等。西晋除继续兴办传统的太学外，还专为士族子弟另设国子学，其招学对象须为五品以上官员的子弟，传授内容与太学相同。国子学的设置，使中央官学开始呈现多样化、等级化的态势。西晋灭亡以后，东晋在江南建国，大量中原士大夫纷纷南徙避乱，虽然东晋政府以这一批知识分子为中心，也修建了太学，但东晋兴学并不是想通过学校来培育人才，而是借以粉饰太平。加上由于君权薄弱，内乱屡起，学校受政潮影响，时兴时废，可有可无。
由于魏晋时期时局变乱丛生，地方教育也受到很大影响。州郡学校大都在平靖时开设，在变乱时则停闭。东晋虽然年代较长，但由于权在地方，地方教育往往由封疆大吏自发提倡，因此各地很不平衡，也没有统一或长久的教育规划。
此外，两晋时期儒学已显示出颓势，学校课程虽然仍以儒家五经六艺为主。但当时学风已转变为以究习老庄为时髦，虽然官方一再提倡儒学的正统地位，但效力衰微。
二、南朝的学校教育
南朝在政治上重用儒林学者，并下诏令，选官不通一经者不得为官，这种用人制度，有力地促进了教育的发展。南朝宋时期，社会较为安定，官学也迎来了短暂的繁荣时期。宋文帝于元嘉十五年（438年）在京师设置了四学馆，分别是研究佛老学说的玄学馆、研究古今历史的史学馆、研究辞章的文学馆、研究经术的儒学馆。四学馆分设于京师四处，主持学者也是根据其学术专长分管各馆。四学馆的兴建在教育史上具有一定的贡献，它开了中国古代设置专科学校的先河，并打破了汉魏以来中央官学以儒家经典为内容的局限，扩大了中央官学设置的范围，也反映了当时社会思想文化领域的实际变化。