课程设置能力即校长领导学校教师合理设置学校各个年级课程的能力，它包括四个方面的含义：一是要统筹考虑国家课程、地方课程与学校课程的关系；二是要统筹考虑各个年级课程开设的情况；三是要统筹考虑国家必修课程与国家选修课程、校本课程的关系；四是要统筹考虑国民素质教育课程与升学预备教育课程的关系。而对于校长来说，校本课程的设置能力是其最重要的课程设置能力所在。
自实行三级课程管理体制后，校本课程便成了体现学校特色与内涵发展的核心领域。校本课程是在我国课程改革中呈现出来的与国家课程、地方课程并存的一种新的课程形态。它的重要价值在于根据当地的历史文化、风土人情来精心设计校本课程，目的是传承当地的文化特色和促进学生的个性发展。校长的课程领导已成为校本课程发展的关键。无论从理论上，还是实践上，校长对校本课程的领导都具有十分重要的意义。
目前，我国中小学校本课程的开发多是零散无序的，教师为课程而教，学生为课程而学。不少校长理解“教师是校本课程开发的主体”时，常常把开发任务分配给教师，便以为尽到了校长的职责，这是一种误解。“教师是校本课程开发的主体”，但并不意味着校长可以置身于校本课程开发之外。相反，在校本课程开发中，校长没有准确的角色定位，没有履行相应的课程开发职责，校本课程开发就有可能成为“散沙式的开发”，成为“师本课程”。校本课程开发是体现学校教育哲学思想和办学宗旨的重要活动，校长在其中的作用是不言而喻的。学校教育哲学思想和办学宗旨的确立无不显示出校长的教育思想和教育境界。虽然学校教育哲学思想和办学宗旨可能是学校集体智慧的结晶，但是我们很难设想一个校长没有教育思想和教育境界，学校却能形成高明的教育哲学传统和办学宗旨。所以，校长在校本课程开发活动中的影响应该受到高度的重视。正是校长引导着学校整体精神的形成和发展方向，推动着学校课程的“校本化”进程。[9]