选择性教师证书项目一直存在的争议，包括以下几个方面。
1.对教学的认识
教学是一种工艺（craft）还是一种专业（profession）?学者哈里（Hawley，W.D.） 指出，选择性教师证书项目的倡导者把教学视为一种直观性的工艺，认为新手应该在工作中向有经验的教师学习，因此，师徒制更适合用于教师培养。相应的，他们把学科专业知识和工作投入视为有效教学的条件。这种观点被教师教育者戏称为“火箭科学家的逻辑”（Rocket Scientist' rationale）。[1]哈利特（Hazlett，J.S.）也指出，如果一个智力正常的学习者能很快掌握某种工作的“诀窍”的话，那么这种工作充其量只是一种工艺而不是专业。他认为，教学是一种复杂的心理和社会性事业，充满了各种困难和偶然性。从事教学意味着要应用系统的知识进行判断，也意味着对新的知识进行探究和发现，这就叫专业。[2]
2.由谁来培养教师以及在哪儿培养教师
在工艺性教学观的引导下，支持者认为，学习教学最好的方法是在有经验教师的指导下进行真正的教学，[3]师徒制是培养教师的理想模式，中小学课堂自然成为培养教师的场所，不再需要大学教育学院来培养教师。支持者认为，选择性教师证书项目打破了大学对教师培养的垄断，这种垄断培养几乎没有为教师提供实用性的内容。[4]教师教育者极力反对这种弱化教育学院的观点，提出教师培养过程是极为严谨的，它包括三个关键的因素：①课程之间的连续性与整合性，课程学习与临床学习的联系；②深入的、有指导的实习，在实习中把教育学的理论和实践联系起来；③与中小学校建立伙伴关系。[5]有学者指出，要养成教学所必需的资格能力，需要经历必要的学习过程，包括完成本科层次的文理教育，具有任教学科的专业知识，修读8～10门课程并进行与课程相关的实践，为期一年的实习，1～2年的入职指导以及持续的专业发展。[6]