城市化、土地流转和农民土地权益保障之间存在紧密的内在逻辑关系。城市化发展需要土地资源这一要素，这就意味着要对农村土地这一资源要素进行重组。在我国“公有”的土地资源配置方式之下，相较于土地征收和土地征用制度，土地流转制度在实现农村土地的城市化使用中能更有效地照顾到多方参与主体在土地流转中的利益平衡。因为从法理上对土地征收、土地征用和土地流转三种城市化发展中的土地资源配置方式进行分析可以发现，土地流转排除了土地征收和土地征用中主体（土地所有权主体）和客体（国有土地和集体土地）法律地位的不平等，使得土地资源之配置方式建立在自愿、有偿的基础之上。这有效地刺激了土地在不同主体之间的流动从而实现优化配置。
土地流转不仅满足了城市化发展的用地需求，更为重要的是它有利于农民土地权益的实现。农民的土地权益包括丰富的内容，根据我国法律制度设计以及农村普遍现状，农民的土地权益包括财产性权利、非财产性权利以及社会保障权等内容。而这些权利内容中农民的土地财产性权利对于农民的意义更为重大。其他权利的实现是农民的土地财产性权利实现的基本保证。土地流转收益是土地流转中农民土地权益的本质内容，包括流转利益、增值利益、工资收益等。但是由于参与土地流转的主体具有多元性，在土地流转收益面前基于利己的本能必然导致多元主体之间的利益博弈。农民的弱势性也使得他们在土地流转收益分配中存在潜在风险。
总体来说，从我国现有法律制度和发展现状看来，城市化发展和土地流转在时间和相关性这两个维度上都表现出相互促进的耦合关系。土地流转既能满足城市化发展的用地需求，推动城市化建设进程；也能为农民带来土地流转收益；同时也存在侵犯农民土地权益的潜在风险。我国城市化发展要“以人为本”，让广大农民平等参与并共同分享城市化发展的成果；土地流转基于平等主体之间的自愿行为，国家政策文件一再强调不能损害农民的土地权益。可以说，农民土地权益的实现是城市化发展和农村土地流转的核心所在；如果农民的土地权益不能得到切实保护，城市化就不是好的城市化，土地流转也难以为继。在城市化、土地流转和农民土地权益三者的关系中，城市化发展的目标是提高农民权益的实然状态，规范的土地流转是农民土地权益实现的重要因素，而规范的土地流转和农民土地权益的实现又能为城市化发展提供基本要素和良好社会环境。因此，农民土地权益保障就成为整个发展工作的重中之重，尤其是在农民土地权益受到潜在风险威胁的情况下，对农民土地权益的实现情况必须予以高度重视。