伟大的德国农民战争，对宗教改革运动产生了深远的影响。
农民战争失败以后，路德堕落了。他公然与诸侯和教皇站在一起，反对曾经与他并肩战斗过的人民大众。他开创的资产阶级宗教改革运动，蜕变成诸侯官方的宗教改革，其标志就是1530年的《奥格斯堡告白》。他抛弃了他曾经提倡过的进步主张，如政教分离和建立民主教会，把宗教大权奉献给诸侯。以再洗礼派为代表的广大劳动群众则继续坚持斗争，在明斯特掌握政权一年多。
在这段时期，德国的矛盾十分复杂：有德国与教皇的矛盾，有新旧教两派诸侯之间和诸侯与皇帝之间的矛盾，而且还不时有土耳其人的西侵和德法之间的多次冲突。蜕变后的路德宗教改革，有两次大发展（1526年以后和1531年以后），但都由于内部矛盾重重被对手利用而遭到挫折。