伟大的德国农民战争以失败告终，有10万至15万的农民被杀。各地农民重新陷入领主的奴役之中，权利被践踏，公有地变成领主的土地，农奴制死灰复燃。
农民战争沉重地打击了天主教会势力。在新教各邦，教产落入诸侯或城市贵族手里。农民战争也打击了贵族，特别是骑士，使之日趋衰落，从而更深地投入诸侯的怀抱。
市民背叛了农民，也没有好下场。城市贵族的统治到处恢复。城市的特权被剥夺，不得不向诸侯支付巨额赔款。市民反对派受到挫折，长期不能重振。再加上农奴制的恢复和其他不利因素的影响，德国的工商业日渐衰落，资本主义的发展受到严重阻碍。
诸侯是唯一从农民战争和宗教改革的失败中得到好处的集团。他们夺取了天主教会的财产，加强对市民和农民的控制压榨。他们的竞争对手贵族，大大削弱，不得不听凭诸侯的摆布。从路德宗教改革开始的德国资产阶级革命以失败告终，德国的分裂割据依然如故。
德国农民战争说明农民中蕴藏着大无畏的英雄气概和革命精神，他们是革命的主力军。他们高举革命的大旗，前赴后继，英勇奋战，沉重地打击了封建制度。农民战争的杰出领袖闵采尔，坚持革命始终如一，视死如归，壮烈牺牲，表现了崇高的品质，至今受到敬仰。然而，由于阶级的局限，单靠农民自己不可能取得革命的胜利：他们无法克服自己的极端地方狭隘性，不能识破敌人的阴谋诡计。正如恩格斯所说：“农民只有与其他等级联盟才能有胜利的机会。”[1]也就是说，农民只有在一个先进阶级的领导下并与之结成联盟才能完成革命的历史任务。平民不是一个独立的阶级，更不是现代的无产阶级。他们不但不能领导农民，而且其行动往往以农民为转移。只有在闵采尔直接领导的图林根一带，平民中萌芽的无产阶级成分暂居上风，形成了农民战争的顶点，但只是昙花一现，很快就失败了。骑士无意放弃或减轻对农民的剥削，根本不可能与农民结成联盟。资产阶级参加和一度领导了革命，但很不成熟，软弱动摇，革命稍一深入就叛变革命，投降敌人。路德后来的一系列表现，就是证明。当时德国的历史发展要求资产阶级担当领导革命的使命，但资产阶级竟然叛变革命，把自己出卖给诸侯。所以，恩格斯认为德国农民战争之所以失败，“主要是由于最有利害关系的集团即城市市民的不坚决”。血的历史经验说明，农民只有在无产阶级领导下并结成巩固的工农联盟，才能取得革命的胜利和农民阶级的彻底解放。