（一）高校博物馆法律制度待完善，管理机制尚不健全
《博物馆管理办法》《国家文物局、教育部关于加强高校博物馆建设与发展的通知》《博物馆条例》《中华人民共和国文物保护法》等法律制度文件是高校博物馆运行的依据。《高等学校博物馆管理条例》目前还没有发布。在管理机制上，高校博物馆日常业务由文物部门指导；行政关系隶属于教育主管部门，教育主管部门内部没有设立直接对口的管理单位。高校内部，一般也没有直接的博物馆管理部门。许多高校采用的是“二级单位负责博物馆建设，资产账务管理归属于资产部门，陈列开放归属于会展部门”的管理模式。
高校建设与发展博物馆，应当摒弃等与靠的观念。结合学校现有的博物馆运行状态，发展趋势与要求，不同渠道的经费支持等实际情况，拟定未来三至五年或者更长时间的发展规划。具体内容包括：博物馆名称的调整；博物馆在校内的机构级别、管理模式；博物馆的新建、修缮、环境改造事宜；文物修复、展品添置计划与经费预算；自制标本的奖励机制；博物馆开放规模及成效。高校还要完善管理制度，制定切实可行的工作实施方案。学校层面制定涵盖博物馆资产管理、文物修复、对外交流、人员培训等多方面内容的制度，各分馆制定实施细则。
（二）文物及陈列品资产账务管理需要不断加强
根据2011年发布的国家标准《固定资产分类与代码》（GB/T 14885—2010），文物及陈列品作为固定资产独立的一大类（第四大类），具有特殊性和重要性。
文物及陈列品价值总量不高，其在学校资产总量中所占比例小，对其价值的认定尚没有引起资产部门的高度重视。在学校资产账上，存在严重低估文物及陈列品价值，或是资产账记录不清楚的情况。主要的原因有：几十年前采购的文物，当时按照交换价值验收入库，随着时间推移，市场价值已是采购价值的数倍或数十倍，但账面价值并没有调整；大部分动植物、地质标本是教师带领学生野外实习采集的样本，没有计价；公司或个人赠予学校的陈列品，或者在学术交流时学校之间交换的标本等，没有计价。受不同历史时期账务记录的要求和管理水平的限制，有的账务记录不清晰并且一直没有加以纠正。例如，资产名称记为“文物一批”，资产明细未知，这就是一笔不清晰的账目。