多校区办学使高校的外部环境和高校内部的教学、科研和后期保障等方面都发生了变化。面对多校区办学校区分散、学科齐全和规模巨大等特点，高校管理工作必须考虑规范管理、合理配置资产的问题。
（一）集权式管理模式
集权式管理是指校级管理机构以校长办公室为首，尽管高校拥有多个校区，校级管理机构集中分布在某一个校区，实行单个校本部，单个管理机构的条状运行机制。
这种模式下，全校实行统一领导、统一规划和统一行动的管理，学校的各项方针政策可有效地贯彻到院系教职工的工作中。同时，各校区日常工作反馈至校区管理机构，促进各校区取长补短，便于形成促进新校区发展的规章制度。但集权式管理模式存在一些不足。一方面，校长需要管理分布在多个校区的众多院系和直属单位，过大的管理跨度导致管理成本的增加和管理效率的降低，而各校区缺乏对应功能的管理机构，管理工作滞后；另一方面，各院系由于互相独立，日常工作中更关注自身利益，而不是良性竞争的办学实体。
（二）分权式管理模式
分权式管理是“以块状为主”的管理模式，每个校区都拥有功能完整的校区管理机构，每个校区都作为一个相对独立的学校与校本部的管理相配套。
这种管理模式下，校长主要负责宏观领导各个校区，制定高校发展的方针政策。各个分校区的领导和教职工在高校管理中能更好地发挥自身的主观能动性。管理权力下放至分校区，减少了管理跨度，提高了分校区管理的效率和及时性。但管理权力下放至分校区强化了分校区的权力，分散了校本部的管理权力，弱化了学校的统一管理，弱化了分校区与校本部的联系，容易导致教职工对学校的归属感的降低；同时，分校区的校区管理机构的重复建设，造成管理成本的增加，导致人、财、物等资源的浪费。