（一）管理制度不健全，管理职责不明确
目前，我国尚无规范性法律文件集中规范行政事业单位国有资产管理，多校区办学的冲击凸显了现阶段高校国有资产管理“制度不健全，资源利用率低下，资产流失现象严重”的问题。具体主要包括以下几个方面。
第一，众多高校通过新建、扩张或合并后，资产的数量急剧增加，资产经费来源、占用形式以及资产结构均发生了变化，但是高校资产管理体制并未随之更新。各分校区仍沿用新建、扩张或合并前的管理模式，管理方式滞后。第二，长期以来，我国高校实行的是财政拨款的公有办学体制和投入机制，高校高度依赖国家投资，注重资产预算安排，但不注重实物管理，不关注资产使用的长期性和综合效益。第三，部分高校沿袭着管理主体多元化的体制，资产分散在不同的管理部门中，在管理环节上存在着交叉、重复和不衔接。而高校的多校区办学使得不同校区不同部门间的沟通更加复杂，凸显了资产管理的机制不畅和主管部门的职权不明问题，资产管理松散、重复购置、随意处置的现象相当普遍。第四，高校缺乏对资产使用性的考虑，维修保养制度不健全，尚可维修的资产闲置的现象降低了资产使用率和投资效益。
（二）多校区资产分配不均，资产配置不合理
高校资产数量庞大，由于缺乏统一的配置标准，同一高校各校区之间资产配置存在“贫富不均”的现象。
多数增设校区的高校，新校区耗资巨大，校园占地面积更大，建筑配套设施更完善，却极大地消耗老校区资产，这对高校合理分配多个校区资产来说无疑是一项很大的挑战。合并重组的高校其资产理应统一管理，但各校区分布零散且格局复杂，在教学质量和设施建设等需求上存在较大的差异，导致高校在合并初期管理混乱，资产分配不合理。