第一，改革遇到的敌人太强大了，这包括：阿蒙神庙祭司、其他神庙祭司、地方贵族（包括许多诺马尔赫），以及其他依附于神庙、与神庙有联系、其利益与神庙有关的一些阶层或集团。尤其是阿蒙神成为全国崇拜的主神已有几百年的时间，在精神上统治了埃及，其影响是很大的，一旦这一切被否定，必定会让人们在感情上难以割舍。改革进行得十分激烈而迅速，人们对旧的信仰未完全抛弃，而新的也未完全熟悉。因此，倡导改革的国王一死，改革的主要推动力便消失了，改革也就进行不下去了。
第二，改革派内部的分裂，削弱了改革的力量。分裂的原因是多方面的：阿蒙神庙祭司的压力，使一部分人动摇，放弃改革。王室家族内部的分裂，提伊王后对改革的态度对改革无疑影响很大。相当一部分军事行政奴隶主放弃了改革，其原因很大程度根源于阿蒙祭司的压力。改革期间停止了对外战争，因而他们掠夺不到新的土地、奴隶及财富，得不到战利品。埃赫那吞对属地的不闻不问，使许多属地丧失，也引起奴隶主的不满。
第三，改革所依靠的阶级基础——新兴的中小奴隶主涅木虎，发展缓慢，力量十分弱小。他们不仅人数少，且经济实力、政治思想上的影响和号召力还远不如祭司奴隶主。这是埃及奴隶制经济基础发展不充分的反映。虽然新王国时期是埃及奴隶制经济走向繁荣的时期，但由于王室、神庙和官僚贵族奴隶主控制了大部分生产资料，使得新兴奴隶主得以生存和发展的空间过于狭小。埃及商品货币关系的不发达，也不足以瓦解贵族们的经济，不能为新兴奴隶主的发展开拓出广阔的道路。可以说，古代埃及的新兴奴隶主（包括中王国时期的涅杰斯和新王国时期的涅木虎在内），是在王室经济、神庙经济及贵族奴隶主经济的缝隙中生长和发展起来的，他们之间既有冲突，又有千丝万缕的联系，新兴奴隶主可能在某些方面还要依赖于这形形色色的贵族奴隶主经济，这就是它的软弱性所在。例如，许多手工业者、商人寄生于神庙经济。因此，新兴的中小奴隶主是很软弱的，不可能同贵族们进行顽强而坚决的斗争，一部分涅木虎甚至可能也放弃了改革。