美索不达米亚宗教的发展可以分为三个阶段。
一、早期的自然崇拜
第一阶段为公元前4000年或更早时期，它的基础是对自然力和自然现象的崇拜。许多神的形象是非人类的奇特的现象，它们主要是那些与基本的经济活动（农业、牧业）直接有关的大自然异己力量。崇拜这些自然异己力量的主要目的在于祈求丰收。在这一阶段，宗教大体上仍属于原始社会末期的部落宗教的范畴，神的形象似乎是被崇拜物的形态的神话的理想化的造型变体，例如，雷的力量变成了一只展翅翱翔、喉咙如狮、口吐惊雷的鸟。
二、神向人的形象和性情转变
第二阶段大致是在公元前第四千纪到公元前第二千纪。宗教神灵的形象有了明显的变化，神的形象以人的外形为主，它们具有人的所有的属性，包括人的弱点和情欲。很早的时候，人的形态就变成了想象力量的可能方式，它经常伴随着更早的非人的特征——诸如光线穿透太阳神的肩膀，或枝杈从植物神人格化的躯体中长出。随着时间的推移，人的形态在宗教思想中越来越占统治地位，因此在自然力和自然现象之间便出现了区别。自然力被赋予人的形态，而自然现象则变成一个被自然力占有并受其支配的物，如山麓女神胡尔萨格变成“山麓女主人”宁胡尔萨格。更为重要的演变是，神及神的世界，被赋予人间世界的模式，神被看作大土地所有者贵族、国家的上层阶级，受人间居民的孝顺、服侍，众神享有永生不死的特权。
三、人上升为神
第三阶段为公元前第二千纪以后，宗教从形式到内容都有许多变化。苏美尔人的神多数被代以新的神，巴比伦人、亚述人的民族性、地方性的神提高了自己的神圣地位，扩大了自己的神圣权力，神对世界和社会人事的干预大大加强了。神在公开活动中变得更像国家之神，它们与国家的政治愿望一致，因此，它们与自然的联系变得微不足道，它们支配宇宙的责任日趋消亡；国都之神——马尔都克和阿淑尔，成为诸神之首，居于统治地位。同时，随着王权的加强，国王的神化加强，国王被视为神的骄子、传谕者、奉神命安邦治国者。见诸浮雕的诸王形象，往往恭立于神前，或佩有神标。例如，阿卡德时代，进行军事远征胜利的国王自称为神，纳拉姆辛碑柱上的君主形象，头有角饰，宛如神祇；刻有《汉谟拉比法典》的石柱上雕有国王汉谟拉比躬立太阳神沙马什前领受法典图。古代美索不达米亚宗教的整个发展过程，生动而突出地体现了宗教作为社会的上层建筑，从原始时代的氏族宗教或部落宗教演变为奴隶制时代的民族宗教或国家宗教的过程。