初时，冈比西斯也像居鲁士一样，以波斯和埃及联合的形式对埃及进行统治。他按埃及的习惯加冕，称自己为“埃及之王，各国之王”，并利用“拉（神）、荷鲁斯（神）、奥西里斯（神）的后裔”的称号。公元前525年8月底，冈比西斯被承认为埃及之王。从这时候起，埃及进入了波斯人统治的第二十七王朝时期。冈比西斯不承认普萨美提克三世是埃及合法的国王，而认为自己是直接继承阿玛西斯为埃及之王的，并且是从公元前530年就成为埃及之王的。在有的文件中称冈比西斯八年，这就是从公元前530年，即从冈比西斯成为波斯国王时起就算是埃及之王了。因为冈比西斯的统治是从公元前530—前522年，总共才8年。冈比西斯任命一个名叫阿律安戴斯的人去管理埃及（包括利比亚和昔勒尼），但在大流士统治时期，据希罗多德说，由于他铸造了成色不足的银币和谋叛而被大流士处死。[17]后来埃及被降为波斯帝国的一个行省，由波斯总督统治。
公元前522年，大流士上台当上了波斯帝国的国王后，在波斯本土发生反对大流士统治的起义时，埃及也发生了起义，反对波斯人的统治，这在大流士的《贝希斯敦铭文》中有所反映：
当我在巴比伦的时候，下列诸省叛离了我：波斯、埃蓝、米底、亚述、埃及、帕提亚、马尔吉安那、萨塔吉地亚、斯基泰。[18]
在《贝希斯敦铭文》中，说到了许多地方起义被镇压的情况，但没有说到埃及起义被镇压的事。可能也被镇压了，因为大流士曾在公元前518年夏末到过埃及，住在孟菲斯。在埃及有不少有关大流士的铭文。可能正是在这时候他处死了阿律安戴斯，并任命了费伦达特为埃及总督。在埃及期间，大流士命令修建了从尼罗河至红海之间的运河。这使埃及人可从海路直达波斯。