葛兆光在《中国思想史》中曾指出：“在汉初以来学术与思想的意识形态化过程中，儒学不断修正其过分理想主义与精神主义的道德中心思路，采纳了相当多的黄、老思想为自己建构宇宙支持系统，采纳了相当多的法术思想为自己开发制度与法律系统，同时也采纳了相当多的数术方技知识为自己建设一种沟通宇宙理论与实际政治运作和实际社会生活之间的策略与手段。”[3]
自从汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”以后，以董仲舒为代表的学者将道家、法家和阴阳家等学说融入儒学之中，其他的经学家群起仿效，纷纷用神学来解释自己所依据的经典，比如《尚书》有“洪范五行”、《礼记》有“明堂阴阳”、《齐诗》有“四始五际”、《周易》有“阴阳卦气”，这样就构筑起一套以天人感应为核心的神学体系。这场立足于经学的新儒学运动既是一场政治运动，也是一场哲学运动：一方面它适应了汉代大一统国家的需要，另一方面它为当时的人们提供了一种新的思维模式和理论形态。
从西汉后期开始，儒学当中关于谶纬神学的内容越来越多。人们开始把古人的宇宙观念、天文地理知识、星占望气等技术以及神仙传说故事，与传统道德和政治学说糅合在一起。这样做的目的，一方面是试图以理论与经典提升自己的文化等级与品位，另一方面则是尝试建立一套囊括诸家、包笼天地人神、贯通终极理想的秩序。它显示了两汉时期思想的体系化与标准化倾向，促进了国家神学的诞生。
汉代统治者重视今文经学宣扬的天人感应的神学体系甚于其学术意义，所以今文经学得以长期占据官学的地位。东汉时期，国家政府在解释儒家经典、掌握思想文化资源方面占据垄断地位。先前作为思想和文化传承者的知识分子阶层则日益“边缘化”。汉明帝10岁即通《春秋》，且能通《尚书》，并撰有《五行章句》一部。汉明帝冬日到辟雍讲学，得意之余竟自比孔子，对随行人员讲“我为孔子，卿为子夏”，俨然一副“为人君、为人师”的做派。[4]政治权力拥有者同时又是学术界领袖，催生了一批标准化的解释，导致了人们对于思想文化的普遍蔑视和固定文化体系的趋附。所以后来有一个叫樊准的人上书抨击时弊，谴责时下“博士倚席不讲，儒者竞论浮丽”的学风。[5]虽然表面看上去文化繁荣昌盛，可学者们却丧失了独立的精神和自由的思想。汉代经学随之日益僵化，成为一池没有源泉的死水。