十六国东晋以后，佛教的传播日益兴盛，佛教经典翻译增多，佛教摆脱原来依附的状态，开始独立发展。统治者上层信奉佛教者越来越多，由于得到帝王及贵族大臣的扶持，佛教的势力日渐壮大，开始形成一定规模的佛教寺院经济，并对世俗政权产生威胁。同时东汉末本土生成的道教也发展成为重要的宗教势力，双方为争取信众，彼此间相互攻讦斗争。因此，佛、道、儒间的矛盾和冲突便凸显出来。
十六国时期后赵政权崇信佛教，结果是“中州胡晋，略皆奉佛”，境内的胡人、汉人信奉佛教者增多，出家为僧尼人数激增。但这些出家僧尼并非全部都是虔诚信佛，是“真伪混淆，多生愆过”，很多是为了逃避徭役和兵役。当后赵石虎问中书令王度时，王度认为佛出于西域，为外国之神，不是天子所宜祠祀。而且华戎制度不同，华夏服礼，不宜杂错。因此王度提出禁止境内的赵人到寺庙烧香礼拜，要分别华戎、华夏以遵典礼。但石虎本身是胡人，认为佛是戎神正所应奉，故下诏允许百姓自由信奉佛教。王度的奏疏反映了部分中国士人对佛教的抵触态度。
南方的东晋同样也出现相类的论调，《晋书·蔡谟传》提到蔡谟认为佛是夷狄之俗，不是经典之制，而且佛是夷人，只听过“变夷从夏”，却没有“变夏从夷”。
随着佛教势力的发展，佛教与世俗王权之间也出现矛盾，东晋末年的沙门不敬王者的论争是其表现之一。佛教戒律有出家人不礼敬在家人的规定，包括国王和父母。《梵网经》出家人法：不向国王礼拜，不向父母礼拜，六亲不敬，鬼神不礼。出家人不许跪拜国王、父母的规定显然与中国儒家礼法中的忠、孝观念相违背，因此引起儒家士人的反对和攻击。佛教自汉代时传入，但至东晋才出现沙门不礼拜世俗之人礼仪的争论。这表明僧尼人数的众多已达到足以引起重视的程度，佛教的势力发展对世俗王权构成冲击。僧尼不拜世俗的戒律被攻击为脱落父母，遗蔑帝王，是“无君无父”的行为。人数众多又无君无父的僧尼形成一股可以抗拒王权的势力，世俗王权显然不能坐视不理。东晋成帝时庾冰辅政，认为沙门应敬王者，遭到信奉佛教的尚书令何充反对，下礼官议，几经论争无果而终。东晋末年，桓玄再次提出沙门应敬王者，与中书令王谧、僧人慧远等往复论争，最后桓玄因图谋篡位，又许沙门不敬王者。慧远后来撰写《沙门不敬王者论》以论证沙门不应礼敬帝王。沙门是否应礼敬王者的争论是佛教发展过程中与本土儒家礼法冲突的表现，部分儒家士人从维护传统礼法和王权的至尊出发，主张礼法必须遵守，概莫能外，出家的僧尼也不能例外。佛教信徒则力图保持其独立性，但面对强大的本土文化的压力，却又不得不做出适当的调和。慧远的《沙门不敬王者论》体现了这种趋势，把佛教义理和名教之间的关系作了协调。慧远提出佛经有二科，一是处俗弘教；二是出家修道。“处俗则奉上之礼。尊亲之敬、忠孝之义表于经文”，这一条全是檀越所明，不容有所别异。出家修道却是“方外之宾，迹绝于物”。他把在家信徒与出家僧人作了区别，指出在家信徒应遵守世俗社会的礼法规定，出家修行的僧人则应保持不敬王者的独立性。慧远进一步把儒家的基本思想纳入佛教的教义中，把儒家的礼观念引入佛教。他将佛教与名教结合，两者是“出处诚异，终期则同”，为此后中国佛教所遵循。