道光秘密立储遗嘱放大图
清代的帝位继承，自雍正时期建立秘密立储制，采用锦匣封名的形式，即由在位的皇帝对所有的皇子进行长期的观察，当圣意已定，选中哪位皇子时，就用朱笔书写其名，立为储，并将朱谕藏于锦匣之内，悬置于紫禁城乾清宫“正大光明”匾额之后。当皇帝临终时，由御前重臣共同拆启，当众宣读并传阅，获得书名的皇子随即践祚称帝。乾隆、道光等人均是通过这种办法继位的。
咸丰元年（1851）,积怨已久的矛盾终于在广西桂平县金田村爆发，而后起义以燎原之势在南部中国迅速发展。咸丰三年（1853），太平军攻下南京，部署稍定，即着手东征北伐。东征是要捣毁清廷粮食和资财的供应大后方江浙一带，北伐直捣清廷的老巢——北京。太平军由罗大纲和吴如孝统率，沿江东行，清兵不战而溃。照计划，路军队如乘胜攻下丹阳，直指苏常二府，早已密约的上海会党会及时响应，东征军前往接应，吴中至上海一带唾手可得。但是东王杨秀清恐天国京畿兵力薄弱，再加上向荣已经追至天京，使得太平军的力量受到了极大的牵制，苏、常二府没能攻下，对太平军来说实为一大失策。依靠来自于这些地区的漕粮，清廷得以保留养命之源。
洪秀全像
即便如此，太平天国运动对清朝漕运体制的打击也是致命的：其一是上海陷落，导致江浙两省漕粮出海口问题遇到难题。其二是太平军攻下扬州，扬州系南省河运漕粮集散地，河运漕粮本应于此地集中，再分帮北上。扬州陷落后，清代漕运河道被切成两段，使得江西、安徽、湖南、湖北等省漕粮无法再依靠运河。其三是南方省份成为主战场，自咸丰二年起，湖南等省河漕停止，再也没有恢复。随着太平天国起义的爆发，这几省的河运漕粮实质上已经终止。其四也是最为重要的，是在镇压太平军的过程中，掌军督抚逐渐形成尾大不掉之势，清廷原有财政奏销体制发生变化，地方财政权力后来居上，直接影响了漕粮海运的具体运作。