因为已经有了两次漕粮海运及咸丰元年白粮海运的经验，江苏省于咸丰二年举办的漕粮海运，筹办过程相当快捷。不难发现，这次变革是政局危难之时，海运派官员对河运派官员的胜利。同时，还可以明显地感觉到，在办理海运的具体过程中，几乎所有的结构性矛盾，并未得到根本解决。而陶澍等人树立的海运“成案”，此时已经变成不可动摇的“圭臬”。
此次首举海运之议的，是户部尚书孙瑞珍。江南道监察御史张祥普进一步要求，如果江苏之常镇与浙江之杭嘉湖同时海运，节省银当在200万两以上，拨解河工，可济急需。浙江拒绝试办，江苏则爽快地同意江苏五属漕粮全行海运。而且早在咸丰帝的谕旨到达之前，陆建瀛和巡抚杨文定就已经和漕运总督杨殿邦磋商，策划有关事宜。张祥普还提议，如果因江浙同时海运而导致沙船不足，可以在征漕时，听民自愿折色，既济海运之穷，又系因民之便，船只亦无虞不足。当然，江苏再次反对折色，理由仍无变化：时间紧迫，若待酌定米价，核议章程，方才折银，辗转需时，必误征输时限。至于来年是否改折，则需预为体察，再行定议。
清廷在经历了“青浦教案”后，对水手的问题一直心有余悸，因此在议定的十条海运章程中，着重强调水手的安置问题。章程明示：“现照案饬令军船各归兑粮水次，并札粮道参酌成案，将停歇军丁应支月粮、苫盖等银筹款速放以恤丁力，其水手人等亦由该道督饬各州县于军船到次之日，查明水手人数，开造姓名、籍贯，各给资遣银两，押令速回本籍。”通过海运章程还可以知道海运的数量：额征漕米1445391石，缓征399135石，实征974249石；额征白粮72006石，共计1046255石，所缺额米399135石，筹办丹徒截留京口兵米482石，实缺米398652石。虽说缺额要“照案筹补足额”，但事后却未筹补。至于护送水师的人数，虽然也有大臣建议进行一定的调整，但是咸丰帝指出，米船现经陆续开洋，若此时始令派委大员，“转恐迁延时日，缓不济急”，故应仍照定章，毋庸更张。当然，在这种状态下，指望山东水师来保证漕粮海运的安全，是根本不可能的事。