在太平天国时期，和漕粮海运发生直接关系并产生巨大影响的，首先是小刀会起义，导致江浙漕粮海运出海口的变化，并成为清代漕粮海运史上唯一没有从上海受兑放洋的特例。其次是咸丰五年（1855），江浙火轮船护漕成为现实，这是木帆船海运时期，运载工具方面最重要的变革。再次，第二次鸦片战争的爆发，强烈地动摇了清朝官员对漕粮海运所抱的任何幻想，并成为他们反思和改革漕运体制的重要契机。总体而言，这几年的漕粮海运，乃是在一种无所适从、摇摆变幻的过程中，逐步实现着自身的艰难转变。
1853年太平军攻占南京，改称其为天京，建立太平天国政权。同年5月中下旬，闽南小刀会于海澄县起义成功，受到农民起义形势的鼓舞，上海一带不同的会党和帮派群众组织起来，建立了有统一名称的“上海小刀会”（又称“匕首党”）的秘密团体，并揭开了持续大约两年的反清武装起义的序幕。小刀会并不是一个全新的团体，而是以往会党和帮派因反清之目的而形成的联合，同时也肩负起反抗外国侵略者的重担。但是上海小刀会的成立也没有实现实质上的统一，仅仅是在形式上实现了统一。其中，闽广为五党，宁波、上海各一党，这对小刀会以后的反抗斗争带来不利因素。
小刀会城北指挥部：上海豫园
小刀会一起事，便得到了百姓的拥戴，许多小手工业者纷纷加入队伍，使得小刀会的力量逐渐扩大。小刀会先是在嘉定起事，攻占上海县衙，杀死署理知县袁祖德。而后又向道台衙门展开了进攻，苏松太道吴健彰鉴于袁祖德的前车之鉴，乖乖地交出了官印。起义军占领道署，销毁科房案卷，缴获了道库内存放的银子。起义军以道署为大本营，攻打海防署和参镇署等衙门。此后，他们又一鼓作气，拿下了上海外滩江海关，上海的征税机关陷入瘫痪，“江南大营”最重要的军饷供给被切断。