上海被小刀会占领已经成为一个不能改变的事实，江浙漕粮由上海出运的计划无指望。户部便咨文浙抚，希望浙漕能改由乍浦或是其他海口出运。因浙江迟迟未就起运港口之事咨复，清廷急不可耐，又在十月二十八日以五百里寄谕，严令黄宗汉等人要尽快将出海口一事办妥，不得借任何军务为托词，贻误海运时机。直到此时，清廷还幻想着上海能顺利地夺回来，所以写道：“如上海即日克复，则江浙海运漕粮自可循照旧章办理。”可惜天不遂人愿。
既然上海指望不上，那么选哪里作为新的出海口呢？黄宗汉奏称，他已经派粮道周起滨、嘉兴知县杨裕深前往乍浦调查，如果该处可行，宁波商船自必乐从。可惜乍浦的运粮环境并不好，海口有铁板沙，大船难以停泊。内河窄狭，盘坝脚力需增加经费。靠近上海，稍有不慎就会造成“粮入贼口”的局面。尤其重要的是，乍浦闽广人数众多，“猝然内应，防不胜防”。为确保漕粮海运安全，“凡人力做得到者，不惜费为之”，在不得已的情况下，他考虑不惜以乍浦之南、“转运愈艰”的宁波港为出海口，但是宁波的情况的确难以担当漕运大任。浙江派员与上海船商接洽，船商们一直推脱，认为羊山以南暗礁叠出，容易搁浅，宁愿不运漕粮也不愿意以船犯险。这样一来，杭州湾以南各口已无考虑余地。
黄宗汉继续命属员探查，得知江苏宝山县蕴草浜河面深阔，沙卫各船皆泊于此；太仓州所属浏河口，本系海运故道，因泥沙淤积而改道，近年来沙淤的情况有所减轻，沙船六七百石者皆可收泊，千石以上则可用小船过载，均堪起运漕粮。黄宗汉闻讯大喜过望，于十月间飞函两江总督怡良及江苏藩司陈启迈，要求确查。经过综合考虑之后，浏河口成为了代替上海的出海口。