江苏的事情已经很不让清政府省心，浙江与江苏在海运过程中的矛盾，更为纠结。浙江办漕实力与江苏相比本来就有较为明显的差距，江苏省率先停止起征本色也对浙江造成不小的打击。在浙江方面看来，江苏仅运米5万，虽系时事艰难，何以浙省办运数十万石，现已“连樯而来”，该省米石不及1/10，尚未全数兑收？如此少的运漕量，即使是江苏本省官员也极为不满：江苏大吏但知彼此诿过，不能公忠体国，听其溃败决裂，不肯补救，“虽曰劫数，实由人事酿成，可浩叹也”。
另一方面，通过此次海运，浙江当局对江苏的敌意，也得到充分体现。需要强调的是，这里所罗列的材料都是站在浙江的立场，资料的局限性显而易见，但从这些带有明显立场的材料中，也不难看出双方的分歧和矛盾。
江苏不办全漕，对浙江征漕产生了巨大负面影响。黄宗汉曾不无苦恼地指出，浙江通省民情，实无一人不打算完漕，“无如苏省败坏至此，浙之州县从而效尤，恨不得汉忽有暴病死了，全漕可以不去，官吏及吃漕规者得以分肥，故辄以苏为借口”。迟至四月，仍有未解银21万有余，而本年天津用款、仓场轻赍各款，俱要由海同时起运。一边不来，一连催用，“真令人急煞，亦只好办了就是”。他表示，说到人事，没良丧心之州县、漕书、迄揽、劣衿、顽梗匪辈，“生怕漕务办成，米俱出去，银须起解，多方阻挠，日日盼望贼来，可以不起解矣。谣言四起，怨仇滋生，而其根子则皆由于苏州之不办漕”。
浙江办理海运，江苏多有掣肘。黄宗汉认为，自始至终，江苏对浙江海运都极为不满，“深嫉浙江办此漕粮，以形其短”。首先是浏河出海，江苏不肯先说，经黄宗汉催促，“尚搁一月余不答，可见凡中不无尤我”。其次是封船，浙江海运所需沙船始终受到江苏方面，尤其是江苏巡抚许乃钊与苏松太道吴健彰的阻扰。“彼时钊犹以谓浙未必办成，俟其不成，乃益显苏之高见卓识，及早已议折价也”。迨三四月间，许乃钊探听浙江漕务将成，“心嫉焉”，因沙船一节“其权在苏”，尽管江苏也曾封雇沙船200号，但吴健彰公然听船户捐免，宝山县丞更是得赃卖放，把停泊各口之沙船全行捐免卖放。只是海运章程规定，“有银有米而无船，责在苏省”，倘浙江漕粮无船承运，则江苏当局吃不消。江苏海运局员朱钧“知吴王八之存心，许乃钊之中其计”，不得已亲自到省城，面见怡良禀报详情。怡良大发雷霆，将宝山县丞撤任，书吏枷示河干，将停泊的沙船一并封发浙局，“其船乃得敷用”。