咸丰六年（1856）九月，“亚罗号”事件爆发。英法联军于八年三月到达大沽口，双方开始谈判。九年五月，英法军队再赴大沽，遭僧格林沁重创。十年六月，联军又至大沽，占领天津后直趋北京，九月火烧圆明园。咸丰帝逃往承德，于十一年七月十七日病死。在此期间，清廷政局动**，英法军舰在沿海频繁出现，并一度占领天津，使得江浙两省漕粮海运饱受影响，河运呼声抬头。与此同时，在与太平天国起义军作斗争的过程中，随着曾国藩、李鸿章等人作用的发挥，清廷逐渐取得军事上的优势，并克复了江浙大部分地区。与军事活动相配合，清廷也着手推行政治攻势，大力施行收买人心的举动。其中最重要的举措就是减赋运动。当然，这种减赋运动，是随着战争的升级而逐步摸索出来的，并基本上与曾国藩、李鸿章等务实派人物控制地方实权的步伐一致。减赋运动曾广泛开展于诸多省份，虽时间不尽相同，但主要集中于核定地丁漕粮、裁革部分浮收这两个方面。与漕粮海运最为相关，效果也最为明显的，当为江浙两省。
在有漕诸省开展减赋运动的同时，清廷也开始进行恢复漕运制度的努力。只是这种努力在江西、湖北、湖南、安徽等省没有收到好的效果，它们的河运漕粮制度已经在事实上宣告结束，再也没有恢复。能够继续起运南漕本色的只有江浙两省。经过减赋运动，江浙两省的漕运体制得到整合，使得海运还有留有余地。这也是为什么江浙海运能够得到恢复、并有所发展的原因。应该说，随着太平军的被镇压，在曾国藩、李鸿章、左宗棠等人的努力下，清廷似乎又恢复了生机和活力。漕粮海运的重新进行，正是其中的重要步骤。
当浙江巡抚何桂清调任两江总督时，他也将自己的工作作风带到江苏。他坚决反对江苏截漕，指责江苏官员“凡事为私不为公，为官不为国”。经他斥责，使得截漕之事“办得无人有脸敢见我”。他又宣称：“处处向人求乞，年年要截漕米，真不能不叹辜恩溺职者，满目皆是也。试问天下尚有何处富于此邦，而能接济此邦者耶？”在他的努力下，江苏八年漕粮没有像以往那样进行截留。