第二次鸦片战争失败后，咸丰皇帝逃往热河。陈孚恩奏称，在京商贾无利可图，生意日减，且恐土匪及夷人扰动，已经将所有资本暗运出京，店铺也逐渐关闭，“既去之后，难以遽复旧观”。又有人报告，自咸丰帝外逃之后，“搬家者终日络绎，煤米腾贵，睹此时事势，不能禁人心不惊惶也”。当时西方驻华的《North China Herald》（《北华捷报》）记者也观察到，咸丰外逃后，“商人们发现粮食在热河可以比北京卖更好的价钱时，许多北京的粮食被转移走了，结果使得北京的粮食价格上涨一倍”。
圆明园残骸
在败于英法联军的同时，清廷也遇到了太平军的强有力攻击。咸丰十年（1860），为夺取苏州，太平军联合丹阳、常州等处10余万部众，“分番更代，日夜来攻”。四月，苏州失陷，各府州县亦将次不守，“是届冬漕，只将完善之川、奉、南三厅县酌量征运”。因浙漕已经无法起征，苏漕又少，京城只能专恃北省杂粮，“饷糈民食，匮乏立形”。据报，江苏川沙、南汇和奉贤三厅县仅征米36500余石，经剥等米890余石，沙船耗米27600余石，“起运漕米为数无多，一切情形又非往届可比”。江苏此次没有设立海运省局、沪局，而是均由兼署苏藩司吴煦与署粮道李万杰会办，知府汪有勋则前往天津负责交米。因米数太少，本次也没有专派钦差验米验收，只是由天津道酌派数员办理。随后两年，即同治元年（1862）及二年漕运，江苏更是因为“各城尚未收复，奏准停免征运”，漕粮海运完全停顿。浙江省的情况亦复如是。咸丰十一年四月，巡抚王有龄奏称，浙江各属饱遭**，“逆匪所到之处，庐舍化为焦土，人烟寥寂，鸡犬无闻”。浙江新漕无从起运，“惟有候来年各漕察看情形”。结果，从咸丰十一年至同治四年，浙江一直都没有恢复过海运。