太平天国运动结束后，清朝步入了一个新的时期，江浙的漕粮海运也面临着新的抉择。就在减赋运动蓬勃开展的同时，江苏省率先恢复了中断了数年的漕粮海运路线。
早在同治二年（1863）二月，在清剿太平军大势已定的情况下，为了更好地保证京畿地区的粮食安全，李鸿章抱着试一试的态度，发动商人通过海路试运米石。这些商人经常往来于江浙与天津港，对于这条海路的基本状况非常熟悉。因此，李鸿章为保证此次海路运输的成功，千方百计地拉拢他们。他劝说各个承运商户，不管是哪些品种的粮食，或者自己运送，或者通过交与其他商人代理，都要征收以供应朝廷。在李鸿章等人的精心策划与安排下，一些商户筹集了3万石大米。经过相关部门的检验与审查，到四月十五日，这批新近购买和征收的米石分别装载在19艘货船上，陆续出航，驶向天津港。
同治二年十二月，江苏布政使刘郇膏召集部属数人讨论冬天漕运米石征收的事宜。当时的实际情况极为惨淡：江苏的武进等7个县仍然被太平天国的军队控制着，那里的漕粮米赋肯定没有办法征收；长洲等15个州厅县，虽然之前已经攻克与收复，但经过三年的太平军统治，百姓流离失所，各个背井离乡，土地荒芜，因而征不起来粮食；而金山、嘉定和丹徒3个县，也因为太平军时常惊扰，耕作荒废而没法儿征粮；仅有华亭、娄县、青浦等3个县还可以按照实际情况酌量征收。如此算来，这一年的漕米征收要比以往逊色很多，整个江苏只征收了13余万石粮食。虽然如此，这也充分显示出江苏巡抚李鸿章对于满清政权的效忠之心。清廷毫不犹豫地对李鸿章进行嘉奖，称赞其办事认真。尽管得到了中央的肯定，但迫于严峻的客观情况，李鸿章也在不同场合表达了自己的无奈与苦衷。他曾在私底下表示，随着形势的变化与社会的发展，以往冗杂、低效的漕粮征运体制已经很陈旧了，需要做出必要的改变和革新。