径运通仓是中央财政与地方财政矛盾的一个反映。具体的推行则带来系列变化，既涉及经费的重新配置，也涉及人员的安排和调整，而向来直接负责其事的仓场侍郎，反而变得无所事事，只能在奏报方式上做些手脚，以期引起注意。但不管怎样，这种变革完全改变了自道光六年海运以来的成规，将剥运负担交由江浙两省承受，重新恢复了原来河运时所采用的办法。另外，轮船与木帆船在运漕问题上的矛盾，亦值得注意。
同治帝像
同治十一年的十二月十六日，仓场侍郎延煦和毕道沅向朝廷重提径运通仓的建议，不过只要求江浙粮道自雇民船，将白粮运通。据他们奏报，同治十一年白粮在剥运时，竟然出现了全船沉没、船户潜逃的事故，甚至在天津还设有船局，私立船捐名色，对剥船公然卖放。不仅用窄小破船敷衍了事，还含糊补造官剥船来冒充民船应募。他们认为雇民船运送白粮，在北省可雇，南省亦可雇。由南省自雇则可以一手经理，北省代雇反而多费周折。
在这种情况下，江浙两粮道只得表示愿意在下一年试运，并且对其中的细节进行重新拟定和核实。例如，酌量增加转运剥价，按民价招雇剥价，以吸引船户踊跃参加；为了防止舞弊行为，明确宣布只要舱面的钉封竹篾及袋绳火漆圆印稍有损伤，即使漕米无恙，也要问责；为了快速完运，还要求剥船在通州交米之后，限它们三天内回津再运。
江浙白粮成功完成径运通仓之后，同治十二年四月，李鸿章进一步向朝廷请求，所有招商局运送的漕粮，都由粮道自雇民船运往通州。因为招商局所运的漕粮都是用麻袋装盛，不会轻易被掺和偷漏，而且轮船行驶速度快，到达天津后即刻便能将粮食卸载在栈内。漕米在船里放置的时间不算太长，不受海气的熏蒸，亦无所谓的“气头”，舱底米色较沙宁各船更为洁净。如果打开麻袋验兑，重装后交给剥船运往通州仓库再行开验，漕米经过这样三次出入，三次斛量，折耗必不会少。而且如果一由官剥船经手，偷漏搀和乃是船户的惯用伎俩，“以十数万洁净无疵之米，坐使如此折耗伤损，实属可惜”。事实上，李鸿章所言不虚，确为实情。