从光绪五年（1879）起至十年（1884）止，也就是中法战争对漕粮海运施加影响以前，是清代漕粮海运中最后的平静阶段。这段时间内，江浙两省的漕粮海运均做过制度上的小幅调整，但总体上说，并无太大的变革。江西、两湖及山东等地的漕运，虽然数量或多或少，但都是京师地区稳定而有力的粮食供应者，对于江浙两省的漕粮海运而言，也是一种有益的补充。
经过多年的实践，海运优点已经毋可置疑，河运漕粮困难又极多，尤其是无人应雇，使得江北漕粮的河运显得极为被动。两江总督沈葆桢向朝廷奏请，光绪五年（1879）江北漕粮再办海运，得到朝廷的批准。后来，户部原本要求光绪六年（1880）江北的漕粮恢复河运，并且欲从江苏漕粮海运中拨出部分漕粮河运，遭到沈葆桢的坚决抵制。最终双方折中，江苏不增拨漕粮河运，江北则恢复河运，共6万石漕米，但后来全部用于拨付直隶赈灾。
光绪七年（1881），因为各州县上交的漕米质量太差，江苏巡抚在向朝廷奏报漕粮海运进程的折子中特意申明：今年因为天时失调，米色不佳，米粒实难纯洁，恐怕经历长途运输之后品相会更差。仓场侍郎继格、毕道沅对江苏的这番解释不满意，他们认为可能会使下级州县误会有机可乘，而上交的漕米质量更难保证，强烈要求江苏省以后认真办理。在验兑这一年的漕粮时，仓场侍郎还发现，招商局承运的漕粮，搀杂破碎的情况与往届相比特别多。他们不得不将情况最糟糕的那部分漕粮过筛，以确保进仓漕粮的质量。光绪八年（1882）和九年（1883），江北漕粮还是实行河运。因为河运的运道十分艰阻，船户们被连累得赔了不少银子，都把河运视为畏途。两江总督左宗棠不得不派遣委员分赴各地，设法招雇，答应船户们增加雇银，这才陆陆续续招齐。