中法战争与中日甲午战争，是中国近代历史上的著名战争，不仅深刻影响了清代的政治格局，对漕粮海运也产生了巨大影响。这种影响主要体现在三个方面：其一，在战争期间，漕粮海运饱受侵袭，步履维艰；其二，在战争结束后，清廷内部河运的呼声加剧，海运的安全性受到强烈质疑；其三，甲午战后，清朝财政面临严重危机，作为偿还债务的重要手段，大规模漕粮改折开始出现。从某种意义上说，它还为漕粮改折诏的颁布，做了必要的铺垫。
从光绪九年（1883）至次年四月，由于法国侵略越南，并企图进而入侵中国，中法两国军队在越南展开激战，光绪十年四月中法订立《简明条约》。六月，法军又再次挑起战争，进犯台湾，并在马尾海战中全歼福建水师。中法之间的陆上战争也在继续，光绪十一年（1885）二月，清朝取得了镇南关大捷，扭转了战争局势。最终中法双方议和，光绪十一年四月，李鸿章与法使巴德诺在天津签订了不平等的《越南条款》，中法战争宣告结束。
对于漕粮海运而言，在中法战争期间，首当厄运的就是招商局被迫出售给美国旗昌洋行。中法战争前夕，法军的舰队在中国沿海进行海盗式的骚扰，蓄谋发动全面侵华战争。此时，招商局承担着运输军需物品和搜集法军情报的重任。光绪九年（1883）三月，法军侵占了招商局设在越南海防的栈房以及存放在该处的军米，招商局被迫停止了在越南的营运业务。唐廷枢曾与法国总督就此事进行交涉，但是毫无结果，唐廷枢又在法国的报纸上发表文章说明事实真相，并与法国有关官员晤谈，仍未能解决。李鸿章也曾出面同法国驻华公使交涉，同样毫无进展。
唐廷枢像
光绪九年（1883）中法战争爆发后，法军扬言要拦截海运船只，“遇船劫夺”，招商局的船队面临着巨大的威胁。为保存民族航运业，在李鸿章的支持下，招商局作出了将轮船名义上暂时出售给外商，以便换旗行驶的重大决定。当时，招商局的主管人员频繁更迭。光绪十年二月，郑观应受粤东防务大臣彭玉麟的委托，前往广东办理军务事宜。四月初，唐廷枢又奉命北上处理开平煤矿的有关事情。所以实际上主持局务的是李鸿章的亲信幕僚马建忠。