光绪二十年（1894）七月初一，中日甲午战争爆发，并一直持续到次年二月。与中法战争如出一辙，漕粮海运随即受到战争的冲击和影响，而清廷所采取的规避措施，包括由招商局代为雇用洋商承运漕粮，和中法战争相比，没有什么太大的区别，并且河运的呼声在战后也再次得到加强。
在战争期间，轮船招商局为避免更大损失，仿效出售旗昌之例，由盛宣怀将轮船分售各国洋商。当时德商信义洋行和礼各洋行，即将招商局7艘轮船改挂德国旗帜。次年《马关条约》签订，招商局立即将出售之船“全数买回”。非常有意思的是，到了光绪二十六年，八国联军侵华，招商局为防患未然，再次将永清、丰顺等19艘轮船，变价224万余两，出售各国洋商，自己仅保留江宽、江永等10艘，计成本815000两。次年战事平息，招商局又将售出轮船，“仍照原价全部买回”。
招商局“永清号”轮船
中日双方开战时，光绪二十年的漕粮海运已经结束，但是这一年的漕运仍能感受到战争的影响。李鸿章向朝廷奏明，由于战局已开，北洋海军陆续在增加招募士兵，因此所需的漕米数量十分庞大。而日本的舰队在海面上不停的巡逻游弋，海运的安全状况不甚明了，招商局的轮船不便照常行驶，所以决定将江北及江苏河运的部分漕粮全部截留，共计13余万石。
战争爆发后，光绪二十年九月，有言官向皇帝上奏，称南方的米粮原本是由转运公所代为存储，但是在天津有奸商串通丁役横加阻挠，使得南方的商人裹足不前，而粮价则日渐昂贵。李鸿章进行详细复查。他表示，天津的米粮商店不下数百家，如果设有转运公所的话，必定会有设立的地方和承办的人员，但经过调查之后并没有发现。倒是在光绪十四年（1888），税务司根据米商杨春泰等人的请求，打算在租界设立米栈，议定米价，但遭到其他米商的反对，他们认为如果另外设立米栈，难免增加不必要的开支。第二年，税务司又想要开设南粮行栈，也遭到发号等37家粮商和增兴厚等206家米店的集体反对。