与晚清政局类似，清末漕粮海运也发生了翻天覆地的变化：既有漕粮转运陕西，又有漕粮改折诏的颁布；既有恢复本色起运的决议，又有江浙大规模截留的出现；既有轮船招商局的独揽海运，又有火车加入剥运行列。在短时间内进行如此众多而重大的变革，表明漕粮海运和清政权一样，都面临着巨大压力，进行着最后的挣扎。有学者视漕粮改折诏为清代漕运制度终结的标志，但清末江浙漕粮仍然起运本色的事实，确也无法否认。虽数量已经不及从前，但漕粮海运依然不绝如缕，并一直延续到清王朝的结束。
光绪二十六年（1900）是旧历的庚子年。义和团声势浩大的“扶清灭洋”运动、八国联军集体侵华、北京惨遭沦陷、慈禧太后携皇帝仓惶西逃……这一切，都对清代的漕粮海运产生了重大影响。首先，义和团运动爆发后，八国联军侵华，占领津京等地区，慈禧太后挟光绪帝出逃，导致漕粮海运中断，转而将部分漕粮向山西、陕西运送。其次，义和团运动被镇压后，朝廷被迫与联军签订《辛丑条约》，偿付巨额赔款，清朝的财政体系完全崩溃。为筹措赔款，清廷不得不颁布“漕粮改折诏”，虽然江浙后来又恢复本色100万石，但漕运制度已经遭到致命打击。再次，为节省费用，清廷开始采纳铁路剥漕的方式，成为继轮船之后，漕粮运输工具史上的又一重大突破。可以说，义和团运动是晚清漕粮海运的转折点。
慈禧太后像
义和团运动以中下层农民为主，他们四处毁教会、杀教士，结果被慈禧太后利用对抗洋人，并发布了清朝历史上唯一的一份宣战诏书：要对列强“大张挞伐，决一雌雄”。随后，英、法、俄、美、德、日、意、奥八国决定以“保护使馆”为由，派军入华。八国联军陆续从天津大沽口登陆，在英国海军中将西摩尔的率领下从天津租界出发，日夜兼程赶往北京。很快八国联军就攻占了通州，七月二十一日，联军直逼北京城下，慈禧太后挟光绪帝先逃山西，再逃陕西。